一、出处之疑
在《大藏经》（大正藏）的正文中根本就没载这部经，而载有真正的佛经《八阳神咒经》，虽然只有两字之差，但内容却有天渊之别。真正之佛经《八阳神咒经》（一卷）由西晋竺护法大师所译，是隋朝奢那崛多尊者所译《八佛名号经》（一卷）的异译本，是佛因舍利弗之问而说的东方八佛之名号，闻者得不退菩提之大功德（请参阅丁福保（佛学大辞典）之130、144页）。而《佛说天地八阳神咒经》则非是舍利弗所问，是由所谓无碍菩萨起问，且根本未收入《大藏经》正文，而是收在《似伪部》中，这说明先宿在编篡《大藏经》时就已经怀疑是伪造的。
二、内容之疑
疑问之一：“夫天地之间，为人最胜最上者，贵于一切诸万物。人者，真也，正也，心无虚妄，身行正直，左‘ノ’为真，右‘ㄟ’为正，常行正直，故名为人，倚道倚人，皆成圣道”。此段疑点有二，其一、“诸法平等，无有高下”、“心、佛、众生三无差别”才是佛法真义，怎可说人最胜最上贵于一切诸万物呢？其二、佛经乃从梵文翻译而来，而此段的“左撇右捺”之“人”字乃是汉字，也就是说此经乃汉人所造，而不是从梵文译来。
疑问之二：“……日游月杀、大将军太岁、黄幡豹尾、五十地神，青龙、白虎、朱雀、玄武、六甲禁讳，十二诸神，土府伏龙……”。此段是典型的奇门遁甲和方术之士推断阴阳、预测吉凶之言，在真正佛经中根本没有。
疑问之三：“眼常见种种无尽色……既是妙色身如来，耳常闻种种无尽声……既是妙音声如来，鼻常嗅种种无尽香……”。眼、耳、鼻、舌、身、意乃是四大假合之六根，本属无常，如何是如来？此是颠倒说法，执取身见。
疑问之四：“人之身心，是佛法器，亦是十二部大经卷也，无始之来转读不尽。”此乃谤经，如果说人之身心是十二部大经，那么如来四十九年中经过三百余会所讲的三藏十二部又是什么呢？如果从第一义谛上讲，如来无所说，言语道断、心行处灭，又何有身心之相呢？所以此句无论是在理上还是在事上都讲不通。
疑问之五：“夫天阳地阴、月阴日阳、水阴火阳、女阴男阳。天地气合，一切草木生焉；日月交通，四时八节明焉；水火相承，一切万物熟焉；男女允谐，子孙兴焉，皆是天地之常道，自然之理”。此乃道家阴阳之说，堕于常见和自然之边见，根本不是中道。中道对万法缘起之解释是既非自然又非因缘，即缘起性空。而且此段对于世界产生之论述也是与佛法相背的，在《阿含经》、《大佛顶首楞严经》中都有明确阐述。
疑问之六：“云何八识为经，八阳名为纬，经纬相交，以成经教”，此为谤法和乱法，坏人善根。其目的无非乱人知见，阻人参研真正之经教。
疑问之七：“云何名八识？眼是色识、耳是声识、鼻是香识、舌是味识、意是分别识，六根是六识”。此乃颠倒说法。只要稍研佛法，就会晓得色声香味触法六尘被眼耳鼻舌身意六根所分别而产生六识，即十八界，怎么能说六根是六识呢？
疑问之八：“即知两眼是光明天，光明天中，即现日月光明如来；两耳是声闻天，声闻天中，即现无量声如来；两鼻（人如何有两鼻？――真君识）是佛香天，佛香天中，即现香积如来；口（六根中如何有口？应该伪造成舌才好――真君识）是法味天，法味天中，即现法喜如来；身是庐舍那天，庐舍那天中，即现成就庐舍那佛、庐舍那镜像佛、庐舍那光明佛；意是无分别天，无分别天中，即现不动如来、大光明佛；心是法界天，法界天中，即现空王如来；含藏识天，演出阿那含经、大般涅槃经；阿赖耶识天，演出大智度论，瑜伽论经”。在三界二十八中如何有以上种种天？眼耳鼻舌身意六根本是无常、四大假合的虚妄之相，怎么又是这个天那个天这个佛那个佛呢？难道这不是谤佛吗？何况其中提到了《大般涅槃经》。大家知道《大般涅槃经》是佛陀最后说的一部经，说完后便入涅槃了。而此经却引入《大般涅槃经》，就是说此经是佛涅槃后才出现的，所以决不可能是佛说。更可笑的是将《大智度论》和《瑜伽师地论》也说成是经。其它疑点暂且不说，只凭此一点便可断定此经必是伪造无疑。何以故？《大智度论》根本不是释迦本师金口所说，乃是南印度龙树菩萨所造，是龙树菩萨对释迦本师所说《般若波罗蜜经》的详细解释，由鸠摩罗什尊者翻译成汉文。龙树菩萨生于公元后二至三世纪，是佛示现涅槃三百年以后才在雪山出生的，也就是说《大智度论》是佛陀示现涅槃后三百年后才有的，这部所谓的《佛说天地八阳神咒经》比《大智度论》尚且不知晚多少年，怎么可能是佛说呢？至于《瑜伽师地论》就更晚了，是印度无著菩萨所造，无著菩萨生年则更晚，比龙树菩萨还晚二百多年，它在定中上升兜率内院，亲听弥勒菩萨所讲而记成，也根本不是本师亲口所说。
疑问之九：此经最后偈诵“身是自然身，五体自然足，长乃自然长，老乃自然老，生乃自然生，死乃自然死”是明显的自然外道之言论。“欲作有为功，读经莫问师”之句则已显露出伪造者的居心，既只让人读此假经，而不让问师，参访善知识。一方面是害怕明师戳穿这是伪经，另一方面不让人具佛正见，而使如来家业无人继承，进而达到破坏佛法的目的。孰不知在佛法中最注重求师问道，以三宝为师是佛弟子最起码要做到的，无明师摄护、教诲、印证，如何能破除邪见而不误入歧途呢？