在唯识学的论述中，要断除或转变烦恼是极为艰巨的，时间也是漫长的，因为末那识在人们的精神中根深蒂固，是那么的难以动摇，不仅有“观所断”的烦恼，还有“修所断”的烦恼。这都因为无始以来的烦恼，以“种子”的形态被“藏”在阿赖耶识之中，生生世世难以除尽。何况修行成功与否，关键也在“种子”上，有善“种子”就可以修得善果，没有善的“种子”是谈不上修得善果的。以此类推，要修成罗汉，得先有罗汉的“种子”；要修成菩萨，得先有菩萨的“种子”；要成佛，当然也得先有成佛的“种子”。有因方有果，天经地义，所以唯识学认为“一阐提”人一一不信佛法之人不能成佛，因为他们不具备成佛的“种子”。“种子”学说精细严密，逻辑理性极强，论证也似乎无懈可击，但无意中却在佛与众生间划出一道不可逾越的鸿沟，也与佛教广泛宣扬的“——切众生皆有佛性，皆可成佛”，“心佛众生三无差别”的理论相矛盾。玄奘大师在印度时就提出过这样的疑问，认为会影响在中国的传教活动。但玄奘的老师戒贤法师却呵斥他，说这是根本义，你们支那人懂什么！玄奘大师回国后囿守师说，因而使这套唯识学难以普及推广——中国人信就信一切众生皆可成佛，既然那一套学问不能使我们成佛，又何必去学呢！
相比之下，《起信论》就荣幸得多，它那个“一心二门”把佛菩萨真如心和众生的生灭心统一在一起，中间没有那条不可逾越的鸿沟。人们只要如法修行，自然会有所成就的。你看，生灭心与真如心是相通的、一体的。有念心动，真如门就成了生灭门；无念心息，生灭门就成了真如门，多么方便。
虽然如此，生灭心和真如心之间的关系究竟如何?特别是真如心的内涵到底是怎么回事?《起信论》因其结构简略未能明说、细说。还有，中国人大多怕麻烦，都希望当世就解脱成佛。所以历来就有渐悟和顿悟之辩，而趋向于顿悟。《起信论》对此没有详细的答复。
天台宗是最早把印度佛教转变为中国佛教的一大宗派。从南北朝后期的慧文、慧思两位大师开始，到陈隋间智者大师集其大成，盛于唐宋，延至明清，在中国历史文化中，特别在中国佛教中有特别的意义。天台宗的中心理论就是“一念三千”和“三谛圆融”。
一念三千的念，就是我们前面所谈到的念头。这个小小的“念”可以贯穿唯识学的心法、色法和心所有法，也可以贯通不相应行法和无为法；这个小小的“念”，在《起信论》中，一面可以是真如门，一面可以是生灭门。当然，这只是在这里临时发挥，其根据就在天台宗的这个一念三千和二话圆融中；也在华严宗的法界缘起和事事无碍中；也在于禅宗的即心即佛和非心非佛中。
以念头与念头的差别而言，恶与善、烦恼与菩提是根本不同类的。要完成从恶到善、从烦恼到菩提的转变，是一种漫长的精神转变过程。基于以上道理，佛教的渐修渐悟是牢实可靠的，也是稳妥可行的。念头是有根的，这个根，就是潜藏在阿赖耶识中的种子；念头是有缘的，这个缘，可以是外面色声香味触法六尘，也可以是内面的眼耳鼻舌身意这六根或六识，但根本之根本在于识。而识的根子则是真如。依照《起信论》的宗旨，念头之根就是真如，念头在真如中生起、显示，又消失、潜藏在真如之中——这就是真如缘起之说。依据真如缘起之说，念头本身就是真如，关键在于你是否有所觉悟。悟——一切皆是真如；迷——一切都是生灭。在这样的原理下，顿悟在修行中是有依据的，能够取得成功的。
天台宗的智者大师建立一念三千之说，可以说把真如缘起的道理发挥得淋漓尽至。智者大师在其重要著作《摩河止观》中说；
夫一心具十法界，一法界又具十法界、百法界。一法界具三十种世间，百法界即具三千种世间，此三千在一念心。若心无而已，介尔有心，即具三千。亦不言一心在前，一切法在后；亦不言一切法在前，一心在后。……若从一心生一切法者，此则是纵；若心一时舍一切法者，此则是横。纵亦不可，横亦不可，只心是一切法，一切法是心。故非纵非横，非一非异，玄妙深绝，非识所识，非言所言。
“介尔有心，即具三千”。介尔就是那么一点点，也可以 说是刹那一念。三千是什么意思呢?天台宗认为，一念之生，就具有相、性、体、力、作、因、缘、果、报和本末究竟十 个方面的内容和性质。分别指念头的形相、性能、本体、业力、作用、内因、外缘及相应的后果和实际的获得（报），还 有本末究竟——包括这一切的，从因到果的所有因素。这十大方面又称为“十如是”如是，即“就是那样”或“就是这 样”，无须推论证明的客观存在。
因一念之中就具有这“十如是”，所以必然与“十法界”相应。天台宗以迷悟为尺度，将一切众生分为凡圣两大类，凡即六凡、六道，就是地狱、饿鬼、畜生、人、修罗、天人这种六道轮回中的众生。圣即四圣，指佛教中的三乘——声闻乘、缘觉乘、菩萨乘，上面还有佛。这六凡四圣就是“十法界”。智者大师认为，这“十法界”是因主观意识而产生的，你是地狱意识就有地狱果报，是天人意识就有天人果报，是佛菩萨意识就有佛菩萨果报。另外，这“十法界”不是绝对隔离不变的，“心生种种法生”主观意识的转变可以使自己所处的“法界”得到相应的转变，既可向上通向佛菩萨的“法界”，也可以向下通向地狱的“法界”。因此“十法界”是相互舍摄、可以转化的，每一“法界”都与其它九“法界”相通。这样，“十法界”就是“百法界”。
另外，不论“十法界”也好，“百法界”也好，其体性都是由色、受、想、行、识这五蕴构成，所以是“五蕴世间”。“五蕴世间”是广义，如人类社会一样，是由具体的、个别的众生单元所组成，这些众生都是有情意识活动的，所以叫“有情世间”。“有情世间”的众生不是生活在虚空里，他们都有自己赖以生存的依据——山河大地这样的生存环境，这就是“器世间”。所以，每一个“法界”必然具有这三种“世间”，而“百法界”则具“三百世间”。“十如是”再与这“三百世间配合，当然就成了“三千世间”，又称为“三千如”。这个“三千”包容了宇宙中的一切存在，包容了过去、现在和未来。千差万别、无量无边的现象和事物全都归摄于一心或一念之中，并且圆融无碍，这就是天台宗的“一念三千”之说。
“一念三千”是天台宗特有的教义及修行的门径之一，看起来深奥玄远，难以臆度，其实不外用佛教的方式说出了人们的意识和心理的那种多层次、多内容的复杂结构；善于思索的人不难发现，人们日常起心动念，原本就有这个“一念三千”’的藤葛纠缠在其中。不说成年人，在幼儿的心念中，也可以清楚地发现这种趋向。一个幼小的儿童，常常向其父母或老师提出无穷无尽的问题，并穷追到底，如：面包是从哪儿来的?是面包房烤出来的。用什么烤的?用面粉烤的。面粉从哪儿来的?用麦子磨的。麦子是从哪儿来的?是地里种的。地为什么要生麦子?农民伯伯种的。农民伯伯为什么要 种麦子?……再如：什么是英雄?英雄是英勇顽强；舍己为人，敢于与坏人作斗争。那什么又是英勇?什么又是舍已为 人?什么又叫坏人呢……每一个问题都与无数问题相联系，无数的问题又通向无数的问题，其中有善有恶，有是有非，都 与相、体、性、力、作、因、缘、果、报这“十如是”相连，农民、英雄、坏人，国王、公主、王子、妖婆等童话表现的 儿童心理，就已与“十法界”相联了。在性情未显、智力未熟的儿童心理意识中尚有这样的层次界域，何况一个成年之 人，一个在社会大染缸中浸泡几十年的人。
如果说“一念三千”主要是社会伦理式的说教，那么“十如是”则更注重于思维的功能和作用。一念之萌动如能自觉地与“十如是”相应，那么在生活和事业中必然具有前瞻性，并能获得相应的自由和成功。
中国佛教的修行实践最注重止观，一念三千是智者大师 在《摩河止观》这一巨著中提出来的，是天台宗最根本的教旨和观法之一。除了这个一念三千之外，天台宗还有一根本 教旨和观法与之相应，这就是三话圆融。
天台宗的初祖慧文禅师是禅教俱通的大师，慧文在修习 《摩河般若波罗蜜多心》、《大智度论》和《中观》时，领悟到“一心三观”的妙旨。“一心三观”就是在一念之中，同时观照到“道种智”、“一切智”，和“一切种智”。这分别是小乘、大乘和佛乘所具的智慧，彼此有很大的层次和差别，需要漫长的修行方可逐步达到，但慧文则认为无需这样的渐修，可以通过“一心三观”而顿悟。他在思考《中观》“众因缘所生法，我说即是空。亦为是假名，亦为中道义”时，就达到了这样的顿悟感受：“因缘所生法，我说即是空”——这是真谛，万物因缘而起，没有固定不相之柑，所以是空，可以通往一切智；“亦为是假名”——万物因缘而有，虽空，但不妨碍其为“假有”，万物万法是幻，是“假有”，这是“俗谛”，可以通往道种智；“亦是中道义”——中道即非真非假，空不妨碍那个假有，假有也不妨碍那个真空，这就是中道，是“中谛；可以通往“一切种智”。这个“空、假、中”把“三智一心”、“三谛一心”用在观法上，就是“一心三观”。通过“一心三观”这样的禅修，就可以达到佛法的最高境界，并可顿悟而得。
智者大师把“一心三观”的禅法，加以发挥就成了圆融 三谛的教法和观法。智者大师认为空假中三话原本就是一体的圆融，说到底就是人们一念之中的三个不同的方面而已。在 一念之个，偏着于空是真话，偏着于假是俗话，偏着于中是中话。但不论偏着于什么地方都不行，因为中、假、空三谛本来是无碍自在的，一念也本来是无碍自在的。因假而有空，因空而有假，因空假而有中，有中必有空假。其间在时间上是并立的，在空间上是并行的，在心念中是同一的。所以不 仅一念具有三千，而且一念具有三谛，一与三无碍无别，与三千无碍无别，都是人们的心念中的实际。
一念三千和圆融三谛可以说是天台宗对“三界唯心、万法唯识”的特殊表达方式。一念也好，一心也好，是不必去分别众生和佛的，佛与众生都平等地居于这个心内。而三谛和三千则涵融了一切精神内容——一切善恶、高下、美丑、凡圣的境界，从地狱饿鬼到佛菩萨们都同居于这个二话或三千之中，这已是具有中国特色的佛教理论了。
从人们的常识采看，地狱饿鬼之类是穷凶极恶的，纯恶无善的；而佛菩萨则相反，他们大慈大悲，舍己为人，功德无量，神通无边，是纯善无恶的。但天台宗却认为真正的佛性不是纯善，同样含具了恶性，不含具恶性的善不能称为至善。因为这种至善不包含恶，那么这种至善的佛性就是有限的，不全面的，有缺漏的。所以真正的佛性就是一切种，一切种当然就包容了一切。不过佛的这个一切种又是一切种智，虽包容了恶性，但却断绝了恶行，一切恶性在佛的行为中都表现了普度众生的方便善巧，都为大慈大悲的另一种表现形式。不然的话，释迎牟尼佛就不可能到这个五浊恶世来教化众生了，地藏王菩萨则更不可能到地狱中去普度众生了。
天台宗的这个一念三千和圆融三谛，虽为佛教修行的禅法和观法，但在现代的社会生活中，在现代心理学中仍然有其积极的意义。心病还要心药医，对那些失意的、得意的、心理失调的、患有各种心理暗疾的人，若能帮助他们在这个一念之中“圆融”起来，将会得到莫大的效益。如那些所作所为有愧于天理人心、惶惶不安的人，若有所觉悟，有所反悔，当知自己的心念仍然与善相通，奋然洗心革面，重新做人，从头作起，以重新塑造自己的人格和创造自己的事业。再如一些功德累累的，若居功自傲，或因步自封，则当警惕一念逆转，衰相即露，稍不留意，反成苦境。
智者大师在领悟一念三千和圆融三谛之时，有一种由衷的喜悦和自在感，他的弟子灌顶大师在记录整理《摩河止观》时说他：“此之止观，天台智者，说己心中所行法门。”“说己心中所行法门”，这就超越了墨守印度经典的窠臼，有那种大彻大悟、雄视古今的气概，并使中国佛教走上了独立发展的道路。就这个意义上说，智者大师的成就甚至优于后。来的玄奘大师，因为玄奘大师一生，都固守于“述而不作”，没有那种“说己心中所行法门”的创意。相比之下，后来的华严、禅宗就在这条路上大踏步地走了下去，如唐末著名的岩头禅师对雪峰说，“他后若欲播扬大教，一一从自己胸襟中流出，将来与我盖天盖地去。”
人的心念是活的，不是死的，一方面可以尽可能地接受和容纳过去的一切知识和信息，另一方面又可以不断创新，开辟更为广阔的思维空间。既然一念可以通往三千世界，或一念本身就具备了三千世间，并且是把三话均圆融在这一念中，那么孟子的“万物皆备于我”在这里就有了更加生动和丰富的内容，人们尽可能在这一念之中去开发、去创造、去发挥，找到和确立自己的人格和存在的价值，并奉献给我们共同的这个世界。