上师瑜伽
前行祷文应诵五遍。为缩略仪轨的缘故，可诵「果源牟尼金刚持……」的九句赞，专心思惟其义。
颂文一开首便提到「牟尼金刚持」。因此，我们绝不可以误解，各个形相的佛，跟教你佛法的上师有丝毫差别。我们首先要忆念上师瑜伽，明白修此法门的目的何在，这样反复念诵才有意思，并可调伏内心。狂乱的心就如非常贫瘠的土地。需获得上师的加持才可调柔。之后，不论我们修的是显教或密教，道次第的证量都会像农作物一样，茁壮成长。我们不单止可圆成佛道，更可享受修行的乐果，以及惠泽群生，获得丰厚的收成。因此，依止上师在初、中、后三个阶段，都对调心裨益甚大。
每次你提到或听到「上师」一词的时候，都应想想其真正的含意是什么。「上师」是法身，是诸佛殊胜的乐空无二智。这种智慧为究竟的上师。究竟的上师因应我们的业力和心灵的需要，化现为不同的形相。念诵九句赞时，一开始便应忆念上师瑜伽，从而转变我们狂乱的心。狂乱的心视上师为凡庸众生，跟佛毫无关系。尽管上师运用种种法门，指导我们成佛，例如化现凡夫的形相，但我们并不愿意视师为佛，不想接纳上师的本质是诸佛的圣意、殊胜的乐空无二智、究竟的上师。不过，一旦摆脱妄念邪见，引生信心，便能视上师跟诸佛无别。恒常以这种心念对待上师，便是在修习上师瑜伽。
为了增长方便道和智慧道的行持，成就如来的色身和法身，我们必需供养上师三宝。资粮有两种：福德资粮和智慧资粮。我们可通过修习前行法门，例如向圣物和上师献七支供和曼达供，积集这些功德。上师瑜伽便包含供养的环节。之后，我们须向上师祈请。不过，如欠缺依师之心，祈请也不能令心向善。你会觉得祈请没什么用处，像是在从牛角挤奶出来一样。你会想：『这个人也是出自娘胎，跟我一样是血肉之躯，只是凡夫俗子，为什么要向他祈祷？我是人，他也是人，为什么我要这样做？我是在做什么呢？』尽管你的嘴巴是在诵祈请文，但内心却是漠然，感觉空荡荡的，尤如出现了一个缺口。
你应观想宗喀巴大师在自他的顶门上。诵九句赞时，观甘露流降，净除众生一切暗障。之后，观大师融入身体，或进入心轮，自他的身、语、意，遂转化为大师的金刚圣身、圣语、圣意。
九句宗喀巴大师赞的意义如下：
「果源牟尼金刚持……」
一开始念诵，便应忆念所有上师。他们现作凡夫，向你开示佛法，导你成佛，其实都是究竟上师的化身。不论你有多少位上师，全都是「牟尼金刚持」的化现。这种感受应不假思索，自然萌生。你应不断维持这种觉受，跟我们常常念「上师为佛，上师为法，上师为僧，万事万物，均是上师」偈颂的意义也是一样。「果源」是指上师为三世安乐的泉源，包括每一种现前和究竟的安乐。
「无缘悲藏观自在……」
一如前述，应把这一句连系到直传上师。
「无垢智王微妙音
摧尽魔军秘密主……」
粗分魔是指执取实有的无明，以及执我的无明，连同留下的印记。微细魔是指分别见。由于内魔的关系，也引生外魔的加害。大师能消灭群魔，因此他是秘密主。
「雪岭智严宗喀巴
总摄三宝师佛前
三门恭敬诚祈请
加持自他得解脱
赐予共不共成就」
「共成就」是指八共成就。「不共成就」是指大手印的成就，或由依止上师至圆满佛果的证量。
你应依照以上简略的解释，念诵此赞五遍。宗座在讲解《上师会供》时，曾说明「诚祈请」的意思。这是指祈请大师令自他的愿求得以实现，而我们应祈求的，是获取依止上师至圆成佛道的证量。
大瑜伽士生杰耶喜说：『值遇上师前，连佛的名字也不会听到。诸佛都是上师的化现。』如不明白何谓究竟上师，「上师」一词和《上师会供》的许多偈颂，特别是「汝为上师，汝为本尊，汝为空行与护法」，便再没有什么意义。一如诸佛为究竟上师所化，观音、文殊、金刚手也是上师悲心、无漏的智慧和威能的示现。不过，你千万不要误解，只有报身和化身形相的佛和本尊，才是究竟上师悲、智、力的化身。你常常见到、给你开示、教你佛法的上师，则跟究竟上师毫无关系。这上师瑜伽的颂文，已把一切道理融会其中。
直传上师也是以「上师宗喀巴」的形相示现，因此颂文中说，「善慧名称足前顶礼诚祈请」。尽管外相是上师宗喀巴，但必须知道名号中「上师」一词，是指究竟上师、法身、诸佛的圣意。究竟上师因应你的业力，示现于凡尘俗世。因此，教你佛法的上师，即是究竟上师的化身，诸佛圣意和法身的示现。他们跟佛无异无别，而所显现出来的身相，我们便称之为「上师宗喀巴」。为此，上师宗喀巴是佛、法、僧三宝的化身。
「总摄三宝师佛前
三门恭敬诚祈请
加持自他得解脱」
正如在良田播种，种子能够茁壮成长，心灵成熟时，也可在没有太多的阻滞下，生起出离心、菩提心、空性见，以及生圆二次第的证量。诵此三句时，可祈求上师令自他内心成熟，获得解脱。
「解脱」也可说是摆脱我爱心、贪欲和我执的羁绊。贪欲令众生对轮回中的快乐恋栈不舍，而执我为实有的无明，则把众生囚禁在其铁笼之中。就密法而言，「解脱」是指断除庸常相和庸常见。由此可见，这个词是指行者从不尊重上师，以至微细分别见的障碍中获得解脱。
诵毕赞文后，观上师进入自心，或融入自己。你的身、语、意，化成上师的金刚圣身、圣语、圣意。这便是此法的精要所在。上师宗喀巴进入自心后，应感受一下什么是「觉悟」，即第四灌名言灌所述的意义。觉悟是指完全清净的圣身，以及完全清净的圣意合一的境界。圣身是究竟上师、法身、殊胜的乐空无二智。圣意是绝对清净的微细风，以及作为法身车乘的幻身。两者合一便是我们所谓的「上师宗喀巴」。