密咒乘有许多的方便法门，这是它的特色之一。但我们首先必须了解我们陷于轮回之中最主要的原因在哪里？不净的身语意，也就是不净的外相，不净的语言、不净的心念等，均属一种不净的习气。能抑止的是众生，而所依止的则是器物世间。不净的能依有身语意等三门，所以不净的能依习气所显现的是其身语意是不清净的。而不净的所依习气所显现出来的器世间也是不清净的。但若要将不净所显的染垢消除时，其方法又是什么呢？所以佛陀传下了种种不同的法门，可以将不净所显，包括不净的能依，也就是有情世间，以及不净的所依，也就是器物世间等完全清净。但若我们仔细去分析的话，那么情器世间所显示的不净又是从何而来的呢？主要它是从烦恼五毒而来。因烦恼的缘故，而造作恶业；因恶业的缘故，一切所显的果也都是不净的。
在佛所讲的教法中，经教部分又分为大小二乘。其中小乘的法道是什么呢？小乘与大乘均以“因”为道，故又称为“因乘门”。其道理是将“因”——也就是烦恼五毒等消除后，“果”就自然消失不见。所以在小乘中，我们要将烦恼当成仇敌，并修四谛法以为对治。小乘的空性仅限于能执空性，观修能执者，也就是自己的心是空性（人无我），以此见地将无毒烦恼消除。这是小乘的方式。而在菩萨乘的大乘，其断除烦恼的方式比起小乘更加殊胜。首先，在断除粗重的我执上，我们要观修菩提心。籍由菩提心的生起，彻底断除烦恼。就烦恼障而言，最严重的是我执。譬如以嗔恨心而言，它的生起都是我们在心里想着某人伤害了我，因此，我要如何去报复、去伤害他等。这个说起来就是因为我执的关系。又譬如嫉妒心，我们在心中想着自己的学问最好、学习能力最佳、最有地位、最有钱财、最有福气等。由于这个我执而产生了嫉妒心。当菩提心生起时，它的力量可以彻底地粉碎我执，然后再进一步进入空性的观修。大乘的空性涵括了能执与所执（人、法皆无我）两个层次。虽然大、小二乘在对治烦恼上所用的方法不完全一样，但均以“因”为道，故又称为因乘门。
一般而言，清净烦恼的方法有四种，即短处、转化、了解以及归入大自性。小乘的法道仅包含了第一种的方式——断除，而外密续则有第二种的转化。譬如嗔恨心的出现，我们自己知道正在忿怒当中时，便可念观空咒，将嗔恨心化成空性。嗔恨的本质具不动佛的体性，因此，我们在空性中观想不动佛的身形、法器等，而在贪欲生起时，可念观空咒，并在空性中观想阿弥陀佛。这是个以果为道的实修法门，所以密咒乘有称“果乘门”。
成佛之因是什么呢？成佛之因是空性与慈悲。因此，将成佛之因作为法道便是大乘经教的传规，行者要修空性与慈悲。而成佛之果又是什么呢？成佛之果乃是佛身与佛智之成就。观想佛身与佛智就比如将嗔恨之心转化成不动佛，我慢之心转化为宝生佛等，行者直接观想成佛之果。佛身与佛智的观想可以改变不净的习气等，所以密咒乘是一条以果为实修的道路。这种改变在密咒乘中就是一种转化——它不仅断除，同时也是一种转化，将不净的情器世间的习气转化成清净的。譬如说，人之所以会投生在轮回六道乃是由于执着于情器世间的不净所致。这种执着是一种错误的任职，而把不净的执着转化为清净的，便意味着认识外在的器物世间都是清净的无量宫。不净的身语意三门是众生一个不净的执着和染垢。若欲将其转化为清净时，便意味着观想自身为本尊的清净身，一切所发出的言语是本尊咒语的清净音，而自心里面心念和想法都是本尊智慧的清净意。所以，这是一个以果为道的修行法门。譬如，将嗔恨之心或者身语意三门的染垢转化为三本尊的本质。因此“果”乘门比“因”乘门的力量强大，同时加持力也更迅速。这是前二项的方式，也就是断除和转化
之后呢？便是了悟其本质或体性，也就是嗔恨的体性是大圆镜智，我慢的体性是平等性智，贪欲的本性是妙观察智等。若能了悟其体性，我们便不必采取断除和转化的方法。前者属于内密，而后者属于外密的法门。所以内密的法门是利用了悟其自性的方式成办。举例而言，我们现在所看到的器物世间的本质是什么？它的本质是空性，也是佛的法身。我们现在所看到的净土是为了利益一切有缘众生所显化而出的一种现象。除此之外，我们无法说净土的瓶子就比世间的瓶子殊胜。其二者之间的空性有何差别呢？净土的瓶子本性为空，我们娑婆世界的瓶子亦如是，这两者的空性并无任何差别。所以就显现而存有的一切诸法而言，其体性或本质都是法身，这一点我们一定要了解。了解它也即是了解一切诸法的自性。而此时，我们也才能了解一切众生都具有佛的身语意，也才能了解一切烦恼的体性。烦恼的体性亦为空，这种了解乃是消除烦恼最殊胜的方式。它的力量更加迅速，加持力也更大。
第四种的归入大自性意为一切诸法的自性乃是自在解脱的，若能安住其中的话，便不必作任何的改变。若我们能了悟一切诸法的法性，便知它其实就是佛性。若我们能自然安住其中的话，首先，我们便不必刻意去断烦恼，而当烦恼生起时，也不必去改变它。其次，我们也不必去认知烦恼的体性是什么，我们只要自然的安住、自然的保持便已足够，不必再刻意造作任何事。所以就一切的烦恼而言，它是自然解脱，而且是本来解脱的。一切诸法的法性本然如此，若我们能自然而持续的安住，便不用断除、转变，也不必特别去了解，因为此时的烦恼已无任何力量可言。所以不论外在的器物世间或内在的有情世间，其法性本然如此。在此等认知之下，一切诸法都是与法身无二的显现，都是法身的幻化游戏，若能安住其中，便已足够。能做到这样的人，烦恼根本不存在，因为烦恼本来即自然解脱的，我们根本不必去断除或转变它，也不必去认知它的自性。所以第四种是一种净业最迅速，也最猛利的方法。我们可以同时利用这四种方法来修行，例如，有时用对治的法门，将烦恼斩除，有时用转化的方式，将烦恼转变成清净的念头，有时则了知烦恼的自性，并安住其中。每一种方法都可以相互辅助，使自己的修行越来越进步。但也有专修了知诸法实性的人，认为不必将诸法转化，因为转化是一种念头，是一种造作，因此，不能使用这种方式。一个人若如此，便会落入断见的想法，并与教法相背离。而一个经常安住于烦恼自性之中的人，若认为他不需修生起次第、观想本尊等，便是属于一种常见，这也会与教法相背离。所以最好的方法是四种法门都能合修，实际上去应用，这样才不致发生于教法相互抵触的情形。