希运，福州人，幼年在本州黄檗山出家，后来因人启发，到江西去参马祖道一。那时道一已经圆寂，于是往见百丈怀海，问道一平日的机缘，怀海向他说起关于“竖拂”被喝、三日耳聋的一段话。希运自称得见道一的大机大用，怀海印可他，说他有超师之见。希运后来在洪州高安县鹫峰山建寺弘法，并改其山名为黄檗山，往来的学众很多。会昌二年（842），裴休在锺陵（今江西省进贤县）为廉镇（即观察使），迎请希运上山安置在锺陵龙兴寺，日夕问道。大中二年（848）、裴休移镇宛陵（安徽省宣城县），又迎请希运至开元寺，常去参问，并记录所说，即为现行的《黄檗希运禅师传心法要》。当时黄檗的门风盛于江南，圆寂后谥断际禅师。有《语录》、《传心法要》、《宛陵录》各一卷行世。他的法嗣有临济义玄，睦州陈，千顷楚南等十二人，而以义玄最为特出。
希运继承马祖道一“即心即佛”的思想，而力倡“心即是佛”之说。他说：“诸佛与一切众生唯是一心，更无别法，此心无始以来，不曾生，不曾灭……超过一切限量、名言、踪迹、对待，当体便是，动念即乖，犹如虚空，无有边际，不可测度。唯此一心即是佛，佛与众生更无别异。”但他认为这个所谓心，不是见闻觉知之心，他说：“此本源清净心，常自圆明遍照。世人不悟，以知识见闻觉知为心。为见闻觉知所覆，所以不睹精本体。然本心虽不属见闻觉知，亦不离见闻觉知，但直下无心，本体自现。”假如“当下无心，决定了知一切法本无所有，亦无所得，无依无住，无能无所，不动妄念，便证菩提”。又说：“诸佛菩萨与一切蠢动众生同大涅槃性，性即是心，心即是佛，佛即是法。”而发挥其心佛一如的思想。希运的禅风即是沿这一思想基础出发，主张“心即是法、法即是心”，为反对以“见闻觉知为心”，有时也以打、棒、喝等为接机的方便。后来临济的宗风，即渊源于此。