随着佛陀的涅槃，佛陀的教法亟待结集。而在佛经结集时，佛弟子对佛法的认识有分歧，进而导致了佛教的分裂。公元前486年，佛陀涅槃后不久，僧团举行了佛经的第一次结集，即“五百结集”，因佛弟子对戒律有不同的看法，佛教出现了裂痕。到了公元前370年，在第二次佛经结集即“七百结集”时，也因戒律问题，佛教正式分裂为上座部和大众部根本二部。后来，在根本二部的基础之上，又经过几个世纪的分裂，形成了十八部派（一说是二十部派）。这些分裂的部派各执一说、各自为尊，百花齐放，百家争鸣。其中争论的焦点主要聚集在对佛陀、阿罗汉和菩萨的认识上、对人我与世界的认识上以及对轮回转世的认识上三个方面。
佛经的结集与佛教的分裂
一、对佛陀、阿罗汉和菩萨的认识
佛陀是佛教的创始人，是自觉、觉他、觉行圆满者，是师尊；阿罗汉是声闻，是通过听闻佛陀的教导而悟道解脱的人，是弟子。二者名虽不同，但所达到的解脱境界是完全一致的。随着时代的发展与佛教的分裂，一部分佛弟子始终努力忠实于佛陀的原形，而另一部分佛弟子对佛陀与阿罗汉的认识逐渐发生了变化。
其中，上座部系统的佛弟子大多严守戒律，保守佛法，因此对佛陀的认识自然更接近佛陀的原形，也就是认为佛陀是人，而不是神，有生有死，他异于常人之处主要在于他战胜了自己的私欲，德智高深，是一个解脱者，是一个真实的历史人物。同样，对阿罗汉的认识也是人间性的，认为阿罗汉同佛陀一样也是解脱者，境界与佛是平等的。何况佛陀有时也自称阿罗汉，佛陀的十种尊称——如来、应供、正遍知、明行足、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、世尊、天人师等，其中的应供就是阿罗汉。
而大众部系统的佛弟子则大多将佛陀神话，将佛陀说成无所不知、无所不能的神。根据《异部宗轮论》记载就有十五个方面之多：1、诸佛世尊皆是出世。2、一切如来无有漏法。3、诸如来语皆转法轮。4、佛以一音说一切法。5、世尊所说无不如义。6、如来色身实无边际。7、如来威力亦无边际。8、诸佛寿量亦无边际。9、佛化有情令生净信，无厌足心。10、佛无睡梦。11、如来答问不待思惟。12、佛一切时不说名等，常在定故，然诸有情，谓说名等，欢喜踊跃。13、一刹那心了一切法。14、一刹那心相应般若，知一切法。15、诸佛世尊尽智、无生智恒常随转，乃至涅槃。除了这十五个方面，还有佛陀的相貌也异于常人，所谓“三十二相”“八十种好”等。总之，从形体到精神，大众部的佛弟子将佛陀塑造成了常人难以企及的神。
大众部在神话佛陀的同时，自然地就会认为阿罗汉并不圆满，并非修行的最高境界和果位，甚至贬低阿罗汉，其中典型的就是“大天五事”。根据《大毗婆沙论》记载，商人之子大天出家后，针对阿罗汉果位提出了五种新观点：①“余所诱”，即阿罗汉仍有正常人的生理机能和情欲。②“无知”，即阿罗汉仍有无知之处。③“犹豫”，即阿罗汉在判断是非的时候仍存疑惑。④“他令入”，即阿罗汉对自己的修行果位必须经他人指点而不是自己证知。⑤“道因声起故”，即阿罗汉以口中发出痛苦的声音，来彰显佛教的教义。因此，作为佛弟子应该追求佛果，像佛陀一样圆满，而不是只成为仍有缺憾的阿罗汉。不想做阿罗汉，而想成佛，那么就要另创一套有别于修八正道成阿罗汉的修行系统，也就是后来修六度万行的菩萨修行系统。
菩萨与阿罗汉
于是，为了进一步区分佛陀与阿罗汉，彰显佛陀的伟大，大众部发明了“菩萨”。菩萨是“菩提萨埵”的略称，意译“觉有情”，他特指佛陀在前世未成佛时的生命形态，因为佛陀于前世无量劫修习了上求佛果、下化众生的“菩萨行”。也就是说，菩萨是佛的前身，是佛的准备阶段，是未来的佛。大众部推崇菩萨，对佛教的发展有重大意义，因为随着菩萨这个概念的出现，带来了许多全新的教义。《异部宗轮论》是这样记载菩萨的：1、菩萨入母胎中，皆不执受羯刺蓝頞部昙闭尸键南为自体。2、一切菩萨入母胎时，作白象形。3、一切菩萨出母胎时，皆从右胁。4、一切菩萨不起欲想恚想害想。5、菩萨为欲饶益有情，愿生恶趣随意能往。6、以一刹那现观边智，遍知四谛诸相差别，眼等五识身有染有离染，色无色界具六识身，五种色根肉团为体，眼不见色，耳不闻声，鼻不嗅香，舌不尝味，身不觉触。7、在等引位有发语言，亦有调伏心，亦有净作意。8、所作已办，无容受法。菩萨的这些神通与高尚的品格，已经孕育着大乘佛教。而上座部对菩萨基本上持否定态度，大部分直接否定，只有一小部分如法藏部等承认菩萨，但并不认为菩萨是圣人、有神通，菩萨仅仅是修习佛法的凡夫而已。
二、对人我与世界的认识
人我由色、心二法和合而成。色即物质，心即精神。地水火风组成物质，受想行识构成精神。人我即色、受、想、行、识“五蕴”的统一体。在物质的色中，人我所有的眼、耳、鼻、舌、身、意（大脑）等“六根”，与客观外在的色、声、香、味、触、法等“六尘”，和合而产生精神的心，即眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识等“六识”。六根、六尘合而为十二处，再加六识和而为“十八界”，即物质和精神的总和。在此过程中，人我又外扩至客观世界，于是十八界既可以用于分析人我，也可以解释世界。因此，在原始佛教时期，佛陀教人当下解脱，其实就是通过改变人们对人我、世界的认识来完成的，也可以说是通过修正人们对人我、世界的固有思维即后来佛教常讲的颠倒梦想来完成的。
十八界图示
在佛教中，“法”又是人我、世界的一个综合性概念，即凡是人我、世界的万事万物都可以称为法。因此，关于“法”的问题，成为了佛教各派必须讨论的基础性问题，其中引发了佛教分裂的最大原因，即关于“法”的真假有无问题的争论。部派佛教对这个问题的回答，大体上有如下五种：
1、我有法亦有。由五蕴和合的人我是实在的，名曰“补特伽罗”，同时组成补特伽罗的五蕴也是实在的。到此，业报轮回的主体找到了即人我，但却违背佛陀的无我之教。主张这种说法的有出自上座系的犊子部，以及后来出自犊子部的法上部、贤胄部、正量部、密林山部等。
2、法有而我无。这种说法以出自上座系的说一切有部最具代表性。该部认为，法是真实永恒存在的，不受时间的限制，所以过去、现在和未来三世都是实有，即“法体恒有”“三世实有”。但现实的具体事物，都不是单一的存在，而是由多种法体因缘和合而成的，而没有独立的自性，因此是虚假不实的，其中就包括人我，故曰无我。流转生死轮回的主体即是这个多种元素因缘和合而成的假我，而补特伽罗仅仅是假我的别名。这样既符合佛陀的无我之教，又解决了业报轮回主体的问题。另外，大众系的多闻部也持此说。
3、法无过去与未来而有现在。这种主张属于大众部本宗义。他们认为，诸法中的“无为法”，是超越时间的“实有”。但“有为法”则否：过去的已灭，没有实体；未来的未生，也没有实体；只有现在的一刹那，才有法体存在。所以说，过去、未来非有，而现在实有。另外，上座系的化地部也赞同这种说法。
4、俗世无而出世有。大众系的说出世部认为，世俗世界的一切存在都是不真实的，属于假名系统。与世俗世界相对的出世间，则是非颠倒，因而是真实的。
5、俗世出世皆无有。大众系的一说部更是认为，不但“有为法”（世间法）是假的，就连“无为法”（出世间法）也不是真实的，它们仅仅是人们安立的假名而已。
后两派的主张，在很大程度上是针对有部提出的，他们的这种唯名论倾向、否定现实世界的虚无主义倾向，是大乘空宗思想的重要源头。后来“人我”由“五蕴”和“名色”的拟人化的规定，更向“心”“识”的纯精神方向转化，而忽略五蕴中的物质即色，如后来在大乘早期经典《华严经》里就有“一切唯心造”“三界唯是一心”的说法，以及再后来大乘瑜伽行派讲的“万法惟识”等，都有否定客观世界的虚无主义倾向。这既与菩萨的入世精神不合，又违背了佛陀因缘法与中道观的教法。
三、对轮回转世的认识
在对人我与世界的认识过程中，又出现了新的矛盾，即既要讲“无我”，又要讲“业报轮回”，那么，既然无我了，谁在承受业报轮回？业报轮回的主体是谁？于是，矛盾就出现了。
其实，无我之教乃佛陀为破婆罗门教梵天创世说而说；同时，业报轮回并不是佛陀的思想，乃婆罗门教的教义。在婆罗门教统治下的印度，业报轮回思想弥漫在整个社会中，而与婆罗门教论辩的佛教为了破婆罗门教，自然会提及业报轮回思想，因此而受到侵染，逐渐融入了佛教教义。如十二因缘的十二支，一开始佛陀仅说三支、五支等，后来才慢慢增补为十二支，且在《中阿含经》中，有人假借佛陀之口，将十二因缘中的“识”解释为投胎的神识，即一般人讲的灵魂，显然这是违背了佛陀的无我与当下解脱之教的。而在佛陀金口所说的《杂阿含经》中，佛陀对业报轮回的问题只做了软处理，不和强大的婆罗门教针锋相对，即不明确回答，而是直教人观因缘法，离贪断爱，当下解脱。
十二因缘图解
逮到佛陀涅槃后，尤其是佛教分裂后，再加之婆罗门教的逼迫，无我与业报轮回的问题又被抬了出来。后来，围绕这一矛盾，佛教各部派提出了各种调和的说法，也引起了各部派间的相互争论，其共同特点就是制造新名称，来调和无我与业报轮回之间的矛盾。首先是上座系的犊子部提出“补特伽罗”这一概念。补特伽罗意译“数取趣”，指可以数数追求人生、数数轮回生死的主体，也是从前世转到后世、从世间转向出世间的联系者，实际上就是外道讲的灵魂，也就是变相的我。说一切有部在理论上坚决反对有我之说，认为补特伽罗只是一种假名，并不真实，但此派却承认有“同随得”“中有”“中蕴”即生死轮回的中间环节。经量部针对说一切有部的“假名补特伽罗”之说，提出了由“一味蕴”的细意识构成的“胜义补特伽罗”，“胜义”即真实的意思。此外，化地部造“穷生死蕴”，铜鍱部造“有分识”，大众部造“根本识”，但大众部一般不承认中有存在，认为人是前死后生的等。上述各派提出的各种新名称以及与之相关的新思想，既坚持了无我的根本教义，又要肯定了业报轮回，即无我的轮回，佛教教义也因此丰富了起来。
总之，部派佛教的这些争论，反映了佛教与时俱进的精神，促进了佛教的发展与繁荣。更重要的是丰富了佛教的教义，同时又促使了佛教教义逐步地抽象化与哲学化，并且一开始就达到了相当高的水平。如菩萨的出现，使佛弟子的修行方法多样化，且形式更加活泼；还有，说无（空）道有、说假道真以及业报轮回等所表达的宗教观、人生观、世界观深化了佛教教义。由此，佛教形成了两种基本倾向：一种是，上座系各派偏重说有，崇尚阿罗汉，形成较多地保守原始佛教特色的小乘佛教；另一种是，大众系各派则侧重说无（空），崇拜菩萨，开出了气势恢宏的大乘佛教。
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