瘟疫在历史上，每隔一段时期，就要出现一次。人类总是战胜一次一次的瘟疫，取得同疾病作斗争的经验，文明在不断地向前发展。北京从成为全国政治中心以来，在元、明、清三代，曾发生过多次大的瘟疫。
元代大都，发生过三次大的瘟疫。第一次是在皇庆二年（1313年），《元史·五行志》记载：“京师大疫”。第二次是在至正十四年（1354年），《元史·顺帝纪》记载：“京师大饥，加以疫疬，民有父子相食者。”第三次是在至正十八年（1358年），《元史·朴不花传》记载：“京师大饥疫”。大都城此次瘟疫，广为流行，十分严重，患者遍街巷，死者相枕藉。《元史·后妃传》记载：顺帝皇后奇氏出赀命官“葬死者遗骼十余万。”《元史·朴不花传》也记载，仅宦官朴不花请示朝廷批准，允许买地埋葬饥疫死者尸体，“前后瘗者二十万”。上述两个数字可能张饰，但说明死亡人数，相当可观，实在惊人。
明代北京，发生过七次大的瘟疫。据《明实录》和《明史·五行志》记载，北京城在成化七年（1471年）五月、嘉靖三十三年（1554年）四月、嘉靖四十年（1561年）二月、万历十年（1582年）四月、万历十五年（1587年）五月、崇祯十四年（1641年）六月、崇祯十六年（1643年）二月，先后爆发过七次大的瘟疫。其中四次，瘟疫流行，非常严重：第一次是成化七年（1471年），京城“大疫流行，军民死者，枕藉于路。”第二次是嘉靖三十三年（1554年），“京都城内外大疫”，“时疫太甚，死亡塞道。”第三次是万历十五年（1587年），京城共接受医药治病的患者达109590人。第四次是崇祯十六年（1643年），京师大瘟疫，疫情极严重。夏燮《明通鉴》记载：“京师大疫，死者无算。”染病死亡之多，无法计算数字。《明崇祯实录》也记载：“京师大疫，死亡日以万计。”这是形容数字，并不一定准确。但上述官方记载说明：当时的大瘟疫，势态极其严重。死亡人数过多，竟然无人收尸——“有阖家丧亡，竟无收敛者。”
清朝的瘟疫，《清史稿·灾异志》记载全国大小瘟疫149宗，其范围有的在一个县、有的在一个地区。如康熙四十二年（1703年），五月“景州大疫，死者无算”；八月“文登大疫，民死几半。”这次瘟疫，北京无染。嘉庆七年（1802年）“延庆大疫”。道光四年（1824年）北京城附近的平谷、清苑等地区，发生严重瘟疫，但北京城里没有出现大的瘟疫。从总体上看，清朝的北京，没有发生过像元大都、明北京那样大的瘟疫。这可能原因之一是清朝京师的防治瘟疫措施，比元朝、明朝都好一些。
在元、明、清三代六百多年间，上述北京历史上的大瘟疫，几点经验，可以借鉴。
第一，防重于治。清朝从顺治、康熙、雍正、乾隆、嘉庆以来，因为他们特别害怕得痘症（天花等传染病），所以格外重视防疫。清朝二百六十七年间，北京没有发生元大都、明北京那样大的瘟疫，这同清朝重卫生、重防疫有一定关系。清朝北京的第一个皇帝顺治帝，患天花而死，年二十四岁。因此，清朝对瘟疫的防治，非常重视。清朝兴建承德避暑山庄、热河木兰围场，其中一个原因，就是为了防范痘症等传染病在蒙古、西藏地区的流行。因蒙古游牧地区，空气清新，人烟稀少；中原地带，夏秋溽热，人烟稠密。他们到北京，水土不服，受感染的机会较多。清朝规定：蒙古王公每年朝见清帝，分为“年班”和“围班”——前者，主要是已经出过痘症的蒙古王公，称为“熟身”，每年末轮班进京朝见皇帝；后者，主要是未出过痘症的蒙古王公，称为“生身”，每年夏秋轮班到木兰围场随从行围，随后到避暑山庄觐见皇帝。乾隆帝说：“皇祖辟此避暑山庄，每岁巡幸，俾蒙古未出痘者，皆得觐见，宴赏锡赉，恩亦深而情亦联，实良法美意，超越千古。”蒙、藏王公、喇嘛在避暑山庄、木兰围场朝觐，可以减少传染的几率。清朝二百六十七年间，北京没有发生元大都、明北京那样大的瘟疫，这同清朝重卫生、重防疫有一定关系。
第二，断然隔离。元大都、明北京先后十次大瘟疫的猖獗流行，都因为没有采取严格的隔离措施。如元顺帝在瘟疫流行时，非但不采取措施，而且制造豪华龙船，在太液池游戏，极尽奢靡之丑态。清朝则不然。康熙时北京曾出现天花流行，康熙帝命在广宁门（今广安门）外设立“避痘所”，实行患者隔离，减少疫情蔓延。后规定在京城东西南北四方，各定一村，患痘症者，集中一起，实行隔离。就是皇子得上痘症，也要实行隔离。康熙幼年，为防天花，被隔离在福佑宫（今北长街路东西藏班禅驻京办事处址）。康熙大约在从三岁到五岁，在那里被隔离了三年。这段期间，不能同他的父母见面。可见清朝隔离措施之严格。大的瘟疫往往季节性很强。如明代北京八次大瘟疫，都流行在春季和初夏，最早为正月，最晚到六月，也就是说在公历2月到7月期间。当然，瘟疫流行两三年的例子也有，但不多见。上述瘟疫流行时间，历史经验值得借鉴。但也要有长期防疫的思想准备。
第三，科学防治。人们同瘟疫斗争，要不断总结经验。明朝吴有性（字又可）著《温疫论》，是为研究防治瘟疫病的创新之著。后人评其为“瘟疫一证，始有绳墨之可守，亦可谓有功于后世矣。”大的瘟疫到来，民众十分恐惧。很多被传染者，不去医治，而去求神。他们请萨满到家里，为患者跳神治病。萨满头戴神帽、腰系振铃，击鼓作乐，手舞足蹈，祈求神灵保佑。但是，康熙帝不赞成找萨满跳神治病，而是用科学方法防治。他派人到江南将以人痘防天花的医生请到宫中，力排旧俗之见，给子孙们种痘。并把种人痘推介到大臣家中和蒙古部落。清廷重视，京师推广：“京师王公大人家，常用种痘之法，因少痘殇之惨。”康熙帝曾患疟疾，御医久治无效。传教士用奎宁（金鸡纳霜）给他治好了病。后来臣民患疟疾，康熙用现身说法，介绍用这种药，果然患者都治好了病。从此他对医学、药学、解剖学、生理学等产生了兴趣。康熙帝请传教士给讲课，还在宫廷建立实验室。相反，崇祯帝在京城瘟疫流行时，求助于道教真人张应京，疫情得不到控制，“北京甚疫，死亡昼夜相继，阖城惊悼。”所以，在瘟疫流行之时，应当求助于科学。
第四，群防互济。大的瘟疫发生之后，有政府救灾，也有民众互济。明万历十五年的京师大瘟疫，在北京五城，官出银两，开局散药，免费医治，共给10699名患者免费治病，“日计千百，旬月之外，疫气已解。”民众互救，更为普遍。北京的居民，郎中们贡献药方，有钱者出资买药散发给患者防治，有力者购土地、买棺材埋葬死者。至于街坊邻里、亲朋好友，也争相解囊相助，扶弱济困。有的皇帝、皇后、王公、太医、官员、太监、宫女等，也捐钱救灾。庙宇的僧尼，行惠施善事：“凡居民病者予之药，不能丧者给之棺。”大瘟疫流行之时，官济民，富济贫，众济寡，强济弱，上下左右，邻里亲友，互帮互助，群防群治。瘟疫过后，民众之间，捐弃前嫌，关系密切，社会风尚，为之一新。
第五，国际交流。一次大的瘟疫，传染地区，比较广泛。比如欧洲中世纪的黑死病，1347年到1351年，横扫欧洲中西部的腺鼠疫和肺鼠疫，英国大卫·克里斯特尔主编的《剑桥百科全书·黑死病》条记述：“约有2500万人死亡，占欧洲人口的三分之一。”该书作者认为：这种病“由亚洲传来”。中国大都城的大瘟疫发生在1358年（元至正十八年）。这比欧洲的黑死病晚七年。当然，元大都的瘟疫是否为黑死病需要研究，此次大瘟疫是欧洲传到亚洲还是亚洲传到欧洲？应当探究，需作讨论。不过，应注意的是，当时大都城是一座国际大都市，大约有六十多万人口，商人、学者、传教士等往来于欧、亚，所以瘟疫的传播与防治具有国际性。到了清代，国际往来，更为频繁。中国预防天花的人痘传到欧、亚。英国医生琴纳于嘉庆元年（1796年）改进人痘为牛痘。嘉庆十年（1805年），牛痘由澳门传入中国。道光年间有的地方设立“牛痘局”。到光绪年间，各地普遍设立“牛痘局”，接种牛痘，逐渐普及。当今国际交往更胜于前，因之对“非典”的防治，更需要加强国际间的交流与协作，吸取国际先进科技成果，共同防治瘟疫。
第六，疫后安定。瘟疫的历史经验告诉人们：瘟疫既不可怕，也不可掉以轻心。瘟疫平息，人心安宁，“化愁叹为讴歌，易扎瘥为仁寿。”然而，瘟疫也给社会带来负面影响。瘟疫的历史经验表明：大的瘟疫流行，必然影响经济。在皇朝时代“瘟疫”与“饥馑”相伴而生。瘟疫过后，原来潜藏的社会矛盾，会更加明显，甚至会激化。元顺帝、崇祯帝不懂这个道理，使本来严重的社会矛盾而更加激化，民变四起，后果严重。但清朝开明的皇帝，总在灾疫之后，采取一些经济措施，如施赈济、减赋税、开义仓、设粥厂等，以缓解社会矛盾，恢复社会生产。