为了追随正法，求那跋陀罗弃家潜逃，到远方求师访友。他弃掉头簪彩饰，布衣疏食，在僧舍中专心学习经典，到受戒时，已贯通了经律论三藏。跋陀罗为人谦和谨慎，对老师极尽礼节。不久之后，他辞别小乘老师，转而学习大乘。老师一见，便让他探取经匣，这好像古代婴儿的抓周，测其将来是否成器，他一伸手便得到《大品》与《华严》，老师很是赞许，感叹道：“你于大乘缘分不浅啊！”自此埋头群经，诵读讲解，没有人能与之抗辩，因造诣高深，被称为“摩诃衍”即“大乘”之意。
跋陀罗受菩萨戒后，离开故乡中天竺，游历狮子国等地，名声渐起，得到的供养物品极多，因自知与东土缘分很重，便乘船渡海。船行至中途，风停水尽，望着四周茫茫一片，全船人渐渐绝望。跋陀罗站起来说：“诸位不用惊慌，我们若同心合力礼拜十方佛祖，称颂观音菩萨，定能使他们感动。”
“哎！快歇歇吧，佛祖若有灵，也不会让风停住。还是别做梦了，跟我们一帮俗人坐着等死吧。”船中不信佛的商人有气无力地拒绝。
跋陀罗便独自立到船头，朝向西方，虔诚地礼拜忏悔。不多时，信风渐起，乌云密集，降下暴雨，船上人在雨中欢呼雀跃，又朝他忏悔，请求皈依。
元嘉十五年(公元435年），跋陀罗到达广州，宋文帝派使者迎接。将到京城，又派名僧慧严、慧观等在郊外新亭为他洗尘。众人见他神情清逸，秉性通达，无不景仰，虽通过翻译交谈，欢悦之情也非同一般。
跋陀罗住在祇渲寺中，通才大儒颜延之亲自登门拜访，文帝又亲自邀见，这样一来，京城的远近内外，车马冠盖前后相望，名士高人纷纷前来拜访。大将军彭城王刘义康、丞相南谯王刘义宣都拜他为师。随后，众僧请他译经，也集合学僧，在祇洹寺译出《杂阿含经》，在东安寺译出《法鼓经》，在丹阳郡译出《胜鬘》、《楞伽经》，当时七百余人参与其事，宝云传译，慧观笔录，盛况空前。
谯王出镇荆州，请跋陀罗一起去。在荆州，他住在辛寺，又译出了许多经典，诸如《无忧王》、《过去现在因果》、《无量寿》、《泥洹》、《央掘魔罗》、《相续解脱波罗密了义》、《现在佛名经》、《第一义五相略》、《八吉祥》等，前后相续，共有百余卷。谯王又请他讲《华严》，他自量不擅长汉语，恐有舛误，于是心怀愧意，早晚礼拜忏悔，祇请观世音于冥冥之中相助。某夜，便梦见一白衣人手持利剑，托一颗人头来到他面前问：“为何忧心忡？”他便将详情说出，白衣人一笑：“不必担心。”便用剑砍掉他的头，将新头安上，让他来回转动：“该不会疼痛吧”他答道：“不疼。”白衣人飘然而去，他猛然醒来，顿觉心神怿悦，口说汉语如同梵语般流利，于是决定开讲，僧俗听众，无不心服。
元嘉末年，谯王屡做怪梦。跋陀罗对他说：“京城将发生祸乱。”果然不到一年，便发生了叛乱事件。孝武帝孝建初年(公元454--456年)，谯王意欲谋反。跋陀罗见他时，面容悲戚，还未来得及说话，谯王便心虚地探问原因，他便恳切劝谏，泪流满面地说：“你肯定图不到什么，恕贫僧不能跟从。”谯王已准备多时，哪里肯听？他不耐烦地伸手制止跋陀罗。起事时，因他是众望所归，强行将他夹裹在军队之中。结果，梁山一战便一败涂地。跋摩见船只狭窄，离岸又远，断定必有人毙命，不如自己跳下去，正可多救一人，于是一心称颂观世音，手持邛竹杖跳入江中。他很奇怪水才没到膝处，便用竹划水，朝模糊的水岸游去。猛然，一童子从后面来，用手牵住他，他回头说：“你一个不尿频孩子如何能渡得过我呢？快自己逃命去吧！”恍忽之间，才觉行了十几步，便到了岸上。他脱下衲衣想报答童子，抬头时却了无一人，跋陀罗浑身毛发竖起，知道是神力相助。
孝武帝下令：找到摩诃衍要好生照顾，护送京城。很快，他便出现在孝武帝面前。宣暄毕，孝武帝问他事情的原委，对他说：
“朕盼望法师已经很久了，到今天才得相见。”
“贫僧既已沾染罪过，理当粉身碎骨。现在蒙陛下接见，如获重生再造。”
“法师不必过于自责，罪在义宣。我且问你，参与谋逆的有哪些人呢？”
“出家人不参与军事，但张畅、宋灵秀都逼迫过我。贫僧惟一明了的，是宿缘所定，难逃此劫。”
“法师放心，这没有什么可怕的。从现在起，你就住在后堂，朕随时请教。”
会见结束了，跋陀罗仍被奉为高僧。
当初在荆州十年，他与谯王书信来往，无不记录在案。平叛后朝庭派人检查书信，发现他言及军事者连片言只语都没有。孝武帝更相信了他纯净谨慎，礼遇愈加优厚。两人谈论道法之余，也闲谈山水人物。孝武同他开玩笑：
“想念丞相（谯王）吗？”
“受他十年供养，怎能忘记他的恩德呢？现在我向陛下求愿，愿为他烧香三年。”
“法师果然是仁义至尽，朕答应你就是了。”孝武听后不由得面色惨然，他没有理由拒绝。
一年一年过去，跋陀罗终于老了。
孝武帝在东府举行宴会，王公大臣齐集，下令召见跋陀罗。当时跋陀罗未及净发，须眉皆白。孝武帝遥遥望见他，转身对尚书谢庄说：
“摩诃衍聪明善解，只是老了。朕试问他一问，他必能领悟。”
跋陀罗迈步登阶，孝武帝上前相迎：
“摩诃衍不负远来之意，但惟有一在。”
“贫僧远来归依帝京，已近三十年。天子的恩泽礼遇，使我愧不敢当。但年过七十，老而且病，惟有一死在。”他应声答道。
孝武令他近身而坐，满朝文武无不瞩目。
跋陀罗在秣陵境内凤凰楼西侧造寺。每到半夜，便听见推门呼唤之声，看时却没有人。众僧也屡做怪梦，常有人梦中狂呼乱叫，如遭酷刑。跋陀罗烧香咒愿：“你们宿缘在此，我现在造寺，行道礼忏，都是为了使你们早日得到解脱。若想住下去，就做护法善神，若不住，各找各的去处安居吧。”当晚，僧俗十几人梦见鬼神数千，挑着担子移去，众人从此才得安宁。
大明六年（公元462年），天下大旱，众人祈祷山川，但数月都无效果。孝武请跋陀罗求雨，并很是绝情地说：
“法师高明，一定要感动上天，若无灵验，从此就不要再见面了。”
“贫僧有何功德？不过，仰仗佛家三宝与陛下天威，定会降下甘霖。若不见效，是老朽心意不诚，也就无颜再见陛下。”跋陀罗知道，君王待人，向来是为我所用，并无什么可说的。
他到北湖钓鱼台烧香祈请，不吃不喝，默诵经典，并加上神咒。第二天晡时（下午3-5时），西北方乌云如车盖般冒出。太阳落时，狂风暴起，阴云四合，大雨从天而降。跋陀罗在雨中静立，如黑色的石头。
明帝当朝，他更被当做国宝一样看待。他明显苍老了，老年的岁月多回忆与余闲，他常把玩拿了数十年的香炉，常静观到他手上来取食的鸟儿——几十年了，他吃完饭，总将剩余分给鸟儿。娇小、活泼的生灵叽喳着忒楞楞飞去，他深不可测的眼睛朝向天空，在渺渺茫茫之中，他似乎见到了什么。
泰始四年（公元468年）正月，他觉出日子不多了，便从容地与众人告别，帝王，公卿，名僧，名士，弟子，熟悉的面孔都为他悲哀，他却总是微笑。
临终那天，他久久地朝西方站立，眼中一片光明，对随侍弟子说：“你看那些天花和圣像。”然后便回屋圆寂了。