有治唯识者，谓真如乃无为法，赖耶乃有为法，有为法者，有缘起事而非理，无为法者，但是理，不关乎缘起生灭，理之与事，不可融通。今随圣教，于诸圣大乘经论以明赖耶识与真如之关系，是为此论论意。
初、明万法唯识，识外更无别法
明万法唯识者，谓世间法种种品类，不外唯识现故，能唯为识，所唯为法，以识现一切法，一切法不离于识故，名为唯识。《大乘密严经》云：“微尘与胜性，自在与时方，悉是净赖耶，于中妄分别。赖耶由业力，及爱以为因，成就诸世间，种种之品类。”《华严经》云：“心如工画师，画种种五阴，一切世界中，无法而不造。……诸佛悉了知，一切从心转。”故知心外更无别境，识外更无别法。全部唯识，安立五法三性、八识流转及二无我义，无非是赖耶一识及其流转还灭相。如彼名、相，于三性中但依他起，于依他起诸名相中，以彼妄想遍计执，故形成八识之杂染流转相，若于依他起中，不起分别妄想，远离遍计执，则八识之杂染流转相灭，杂染流转相灭故，而成清净识，名圆成实性，如是名为转识成智。然则，云何于依他起不应计着？谓依他起相，是赖耶及其转识之自变现境，为赖耶之相分，体无实故不可得，犹如幻化故不可取着，此即二无我义也。故《大乘密严经》云：“世间非作者，业及微尘作，但是阿赖耶，变现似于境，藏识非缘作，藏亦不作缘，诸识虽流转，无有三和合，赖耶体常住，众识与之俱”、“定者在定中，了世皆藏识。”如是，若得杂染流转相灭，则赖耶之杂染转为清净，是名证入圆成实，得于一切法中得大自在。故《瑜伽师地论》云：“阿赖耶识杂染还灭相为转依，令于一切善净无记法中得大自在。”而此依正智熏治令转清净而证之圆成实，即如是正智者依二无我理通达一切法相不可得，体性空寂非断灭。此中正智但与如如相应，为对治赖耶中杂染有漏法而假名安立，故亦是依他起法，非实有其性。如如者，离二边见，无相实相，唯是圣自证境界。
或有言：此中唯识者，譬彼如如，岂非赖耶转灭乃得耶？故此如如即是识外之法，云何得言如如亦唯识耶？且此如如，超言绝虑，入不思议境界，非一切语言文字之所能明，则此如如，离于八识之外，乃不可知法，又云何得唯识？答曰：“此错会如如义也，其一，如如者，实非识外之法，以即是此阿赖耶识体故，此后当更明，其二，如如者，非诸法外之法也，以一切法当体即如故。譬如虚空有幻花生起，而此幻花无实，原无实体，其当体与虚空无异，云何更于虚空外作有幻花想，或于幻花外作有虚空想耶？如如之与诸法亦复如是，非于识外有法名如如，亦非于如如外有法名识。而此如如不思议，亦不可作不可知解，但是诸圣之自体亲证，离一切心意意识之所能思量，一切语言文字不能道其万一，故言不思议，超言绝虑，非实不可知也。一切诸佛，亲证诸法本源，于诸法更无有丝毫疑惑，无有丝毫不明了，云何更有不可知之法在耶？唯识之境界，实是诸佛亲证之解脱境界，唯识之教，是诸佛建立在诸法本体的自证境上，并由此自证境中为应众生之机而自然流出的一代圣教耳，
二、明赖耶、真如不一不异
此明赖耶、真如不一不异者，谓赖耶、真如体无二故不异，依染净不同而立名故不一。
或有问言：此赖耶识乃有为流转之法，无有实体，而真如者，但是二空之理，是无为法，云何赖耶得与真如不一不异？答曰：发此问者，但知其一，未知其二。何者？言赖耶乃心识流转之法，此但明赖耶之一分相似杂染相现，而此杂染流转之相，可依善净法对治而得转灭，虽杂染相可得转灭无余，然非赖耶自体灭，以赖耶体实不可灭故。若言赖耶无有实体，唯是杂染心识之流，则杂染心识之流灭，赖耶亦灭，言赖耶灭者，实同于外道断灭邪见，故《楞伽经》云：“非自真相识灭，但业相灭，若自真实灭者，藏识则灭，藏识灭者，不异外道断见论议。”此中自真相识者，赖耶实体也，亦名藏识，业相者，赖耶心识之流也，故《大乘密严经》亦云：“此识遍诸处，见之谓流转，不死亦不生，本非流转法。如梦见生死，觉悟即解脱”，“体非如幻化，非阳焰毛轮，非生非不生，空性空远离”。依如是经言，赖耶非流转法明矣！
又或问言：若赖耶实有体者，岂非同于外道神我、灵魂之说耶？答曰：此实因未明赖耶之真实体相而起，当知赖耶真相，犹如虚空，亦无虚空之量，其中原无神我、灵魂之类可得安立，毕竟清净寂灭，故《大乘密严经》云：“一切外道，于阿赖耶识所生我见，执着我相，然此中无我，亦无有生，微妙一相，本来寂静，是觉悟胜观行者自证境界。”而诸外道，未能通达心识细微流转之相，于斯流转中执为神我、灵魂乃至大梵、一因等，又如何得入清净赖耶之寂灭自证境界，如此业识之流不灭，我执不除，于赖耶识中妄起分别，实非智者所应行，故《解深密经》云：“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流。我于凡愚不开演，恐彼分别执为我。”即是此义也。
有为无为之辩，后当更明。至谓二空之理即真如，实不明二空只是遮法，云何遮法？谓一切凡夫妄计我法实有，为对治彼故，一切诸佛方便施设我法两空，依此对治，可得转灭赖耶识中杂染流识，入清净性，且二空之理，亦不仅但为对治法，且亦能显真如之寂灭义，此即窥基师所言二空从能显说，窥基大师《成唯识论述记·卷一》云：“理体虽有，离有离空，非性是空。说为二空，从能显说。梵言瞬若，可说如空，名瞬若多，如是空性，即是二空所显实理，故言空者从能显说，二空之性，名二空性。”《大般涅槃经》云：“我为医王，欲伏外道故，唱是言，无我众生寿命养育知见作者受者，比丘当知，是诸外道所言我者，如虫食木，偶成字耳，是故如来，于佛法中唱言无我，为调众生故，为知时故，……是故说言，诸法无我，实非无我。”“我者，即如来藏义，一切众生悉有佛性，即是我义。”由是可知，二空之法，但是遣执遮相，非是实法。若证二空，即显如实法性，以如实法性中求我法不可得故。如实法性者，即是佛性，又名真如，即是净赖耶也，体恒寂静，唯是圣自证境界，非一切外道所能晓了。故《楞伽经》云：“如圣智有性自性，圣知、圣见、圣慧眼，如是性自性知”，“但我住自得如实空法，离惑乱相见，离自心现性非性见，得三解脱如实印印于性自性，得缘自觉观察住。”故知，真如者，非无实体，但是二空所显之自证境。而此真如，亦非于阿赖耶识外别有之法，若能净除心识业力流转之相，赖耶体中杂染转灭，则赖耶者即名为真如，清净无染，寂灭无性，乃至究竟求赖耶亦不可得，亦无真如之名，唯是圣自证现量。故《大乘密严经》云：“如是赖耶识，是清净佛性，凡位恒杂染，佛果常宝持。” 同经《趣入阿赖耶品》言：“如是之藏识，普现有性界；其体无增减，圆洁常光明”、“广大阿赖耶，当成等正觉”。由是可知，赖耶之与真如，不一不异，但以凡位恒杂染故，方便名为赖耶识，立唯识之教，令诸凡夫如是观行证入圣果。但以圣位恒清净故，名为真如，立性常之教，明真如缘起，令诸凡夫，悟入如来清净无碍、缘起无性之一真法界。譬如净虚空中幻起空花，以凡夫执空花为实有，实生实灭，由是见虚空中显杂染相，如是方便名为赖耶。若了空花无实，幻现生灭，实非生灭，与净虚空一体不异，虚寂无相，无生无灭，恒无变易，如是方便立名真如。此中净虚空者，喻示真如一分寂灭无为义，现幻花者，喻示真如一分缘起无生义。幻花者，诸有漏无漏法是。赖耶以摄有漏种及法而立其名，故无漏法但显为其对治令其转染成净，而显非所摄，实为自治自净是故当知，赖耶、真如体实无异，又名一心，但以开合隐显为方便及依染净立名而显有异。如《华严经》云：“心佛与众生，是三无差别。”即显此义，佛者，真如是；众生者，赖耶是；心者，但显真如与赖耶、佛之与众生同一体故立名为心。
三、明赖耶、真如缘起如幻
初明赖耶缘起，谓以赖耶为根本因生诸世间万法，如《楞伽经》云：“如来之藏是善不善因，譬彼伎儿能遍造诸趣。”《瑜伽师地论》云：“略说阿赖耶识，是一切杂染根本，所以者何？由此识是有情世间生起根本，能生诸根根所依处及转识等故，亦是器世间生起根本，由能生起器世间故，亦是有情互起根本，一切有情相望互为增上缘故。”由是经论所言，故知于世谛而言，赖耶识实是一切世法之根本因。或有问言：生诸世间者，应是种子，非阿赖耶。如经论亦云：有种子者，法尔具有生诸蕴界处之功能。答曰：不应将种子与赖耶作二法想，何也？谓其一，阿赖耶为能藏，种子为所藏，此能所不即离故；其二，种子为阿赖耶所摄持故；其三，种子者，但是阿赖耶相分，非离阿赖耶另有种子为实有法者，此亦可证之万法唯识之理。如《成唯实论》云：“种子虽依第八识体，而是此识相分非余，见分恒取此为境故，诸有漏种与异熟体无别故。”又云：“此识为体，故立识名，种离本识无别性故”。窥基《成唯识论述记》云：“体即是种。”由是当知，种子与赖耶不可作二法想，故言种子生诸世间者，亦即言赖耶生诸世间，作如是言无有过也。故《楞伽经》明辨谓如来之藏变现诸趣，《瑜伽师地论》谓阿赖耶生诸世间及有情。
次明真如缘起，真如缘起者，当知与赖耶缘起不一不异，以真如、赖耶体非异故，赖耶中本有大种非断灭故。本有大种者，法尔本有，无增无减，非断非常，心识流转相灭时，赖耶即为真如，一切种子亦即为真如所摄，为真如之相分，且随转为无漏。是故经论云真如摄一切世出世间法尽，法尔具足无量功德，能随其所应成就诸法，如摩尼珠现诸色相。若真如实无关乎生灭缘起，无生无用，则诸佛证入真如时，岂非如同草木瓦砾，云何能从自证境中流出无量法藏，成就无量佛事?如《解深密经》云：“如来者，非心意意识生起所显，然诸如来，有无加行心法生起，当知此事，犹如变化。”《华严经》云：“诸佛种种方便力，出兴一切诸刹海。”
然则，无论赖耶缘起，还是真如缘起，所生诸法，均无实体，如梦如幻，故不作实有所生、实有缘起解，当知此事“犹如变化”。比如梦中，现作诸事，及至于醒，所为诸事皆不可得，非实有作。故《解深密经》又云：“若杂染法，若清净法，我说一切皆无作用，亦都无有补特伽罗，以一切种离所为故。”《华严经》云：“佛身不可取，无生无起作，应物普现前，平等如虚空。”此生而实无生，作而实无作之义最极甚深，最极甚深，非世智凡情、意识卜度所能解了。当知，诸法生而无实如幻，离自性相，即是诸法无生之义，若得如是信解，即得不于生与无生、作与无作二边知见上自起偏执，自生障碍，如是方得远离戏论，入清净道。
或疑言：真如者，是无为法，言理；而缘起者，为有为法，言事，理之与事，云何相同？又云何得言真如而能缘起？答曰：此问但是自执名相，失于真义，何也？岂得离于有为而有无为耶？岂得离于无为而有有为耶？立此有为无为者，但是一时权巧立名，实非究竟理趣，但以凡情执于有为，以有为为实有之法，故诸佛巧运方便，显示真如一分寂灭义，隐言真如一分缘起义而说无为法，以破遣凡情有为之执，令诸众生能背尘趣寂，原非为断幻有之用。《金刚经》云：“一切有为法，如梦幻泡影，如露亦如电，应作如是观”，有为法者，以无为法为其实相，今有为法但如梦幻，原无实法可取，既无实有有为法可得，云何更有其实相之无为法而可得耶？譬如梦事已非真矣，云何更于梦事求有无相耶？一切诸法缘生无性，体自空寂，由是立名，名为无为，虽云诸法体自空寂，无自性相，而不碍诸法宛然现前，差参万千，由是立名，名为有为，有为无为，原非二法，原只是一体之两面，究其实处，求有为法固不可得，求无为法亦实不可得也。故《解深密经》云：“彼诸圣者，于此事中，以圣智圣见离名言故，现正等觉。即于如是离言法性，为欲令他现等觉故，假立名相，谓之有为，谓之无为”，“设离有为，无为少有所说；设离无为，有为少有所说”，“佛说离言无二义，甚深非愚之所行，愚夫于此痴所惑，乐着二依言戏论”。
佛法胜义，原无二法，离一异性，微妙一味，超言绝虑。但依众生根性，随缘开合，取分立教，虚设化城，而此化城，如黄叶但止儿啼，如欲于此执实有无，则辜负圣意矣！理之与事，不离一心，心体通达，理事圆融；心起障翳，理事悬隔，诚如《解深密经》所言：“行界胜义相，离一异性相。若分别一异，彼非如理行”。有为无为固如是矣，而赖耶真如亦如是也。