这两法， 是指药师法门与净土法门。药师法门是重於现世的消灾延寿， 释尊把这延生法门， 付之於药师如来；净土法门是重於将来度亡往生的， 释尊把这法门付之於西方的弥陀如来。这两大法门是佛法大宗， 如果弘法的法师不分东西， 同时弘扬， 并驾齐驱， 则学佛之人， 延生度亡， 各有所托， 如车之两轮， 鸟之两翼， 缺一不成， 这是最好不过的。古人说：「道不同不相为谋」；今既同为佛为道， 自然可并行不悖， 同时并进， 兴旺佛法， 也是众生的幸福！
在释尊未说药师经之前， 先说阿弥陀佛， 把西方佛国净土的依正庄严已说得很详细清楚， 所以在东方净土的药师经中， 只於学理多点述说， 净土依正庄严的事相略为提到罢了。同时这二种法门， 在药师经中已见有说法融会不可拘泥的地方。如经中所说：
「曼殊室利， 若有四众苾芻、苾芻尼， 邬波索迦、邬波斯迦， 及馀净信善男子善女子等， 有能受持八分斋戒， 或经一年， 或复三月， 受持学处， 以此善根， 愿生西方极乐世界无量寿佛所， 听闻正法而未定者， 若闻世尊药师琉璃光如来名号， 临命终时， 有八大菩萨， 其名曰文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨， 是八大菩萨， 乘空而来， 示其道路， 即於彼界种种杂色众宝花中， 自然化生， 或有因此生於天上， 虽生天上， 而本善根亦未穷尽， 不复更生诸馀恶趣。天上寿尽， 还生人间， 或为轮王， 统摄四州， 威德自在， 安立无量百千有情於十善道。」
从这段经文中， 很清楚地告诉我们：如果有念阿弥陀佛的男子女人， 持戒修斋， 愿生西方， 亲近弥陀， 或因功力不足， 其心未定， 到了临命终时， 若能有福分听到药师佛名， 或意念药师佛名号， 临终就有八大菩萨， 亲来迎接， 引导你於西方众色莲花之中， 自然化生。或因你积善的福分而生天上， 不生恶趣；天上寿终再生人间， 亦为圣王， 教化人民， 同行十善法门， 使国家和乐， 人民安居。由此足证念佛之人要生西方的， 也不必认为念东方药师佛就不对， 或以为念错了， 那完全是自己对佛法思想未曾理解的错误。现在既说闻药师佛名， 临终就有八大菩萨来引导你往生西方， 反过来说， 你若念药师佛名， 将来要求生东方药师佛的琉璃净土， 或因功力不够， 心意未定， 若闻阿弥陀佛名号， 可能这八大菩萨也来送你生於东方琉璃世界。本来佛道同， 十方净土在圣者境地， 应无分别隔离， 众生我见未忘， 妄想分别， 多生执障， 反而画地自限， 弄得自己隔阂不融了。六祖惠能曾说：「东方人念佛要生西方， 西方人念佛又生什么地方呢？」我们现在可凭上段药师经意， 大胆地答覆六祖：西方人念佛， 也可以生东方净土。六祖重禅， 意在破除念佛人之执障， 那么我这样说法， 如能会融佛意， 想不致於离题太远， 而有什么大的过错！
在药师经中还有一个特别的说法， 在其他经中并不多见。他说我们人生下来就有两个「俱生神」， 与生俱来， 跟著我们， 记载我们一生所作的善恶， 一神记善， 一神记恶， 「随其所作， 若罪若福， 皆具书之」， 历历分明， 一丝不紊， 到各人临终之时， 此二神负责将此记录罪福之书， 「尽持授与琰魔法王」， 由王凭此记录， 推算罪福， 而判定之。有福者上升， 自无问题， 造罪者将沦苦处， 忧怖万状， 那时若有在生亲戚家眷为他诵经礼忏， 忏悔修福， 也可减轻他们业报， 所以这药师经虽然注重延生求福延寿， 同时也注意到亡者的利益， 可谓「冥阳两利， 存殁均沾」之宝典。吾人学佛目的为「净佛国土， 成就众生」， 那就不可不注意修习了！