现在达尔文主义主要的思维和架构是继承古典达尔文主义而来的，道金斯就曾经提到：达尔文主义中所暗藏的某些重要的理论，可以在逻辑上从基本理论推衍出来，但是直到最近才被注意到。尽管如此，新的达尔文主义在某些方面和传统的达尔文主意还是有些差距。下面是我对这两种理论的基本比较：
古典达尔文主义 现代达尔文主义
指导原则 演化,天择基因中心说 心智策略性思考
研究个体 生物个体及其子孙 基因
对生物适应环境的观点 着重在利益 着重在稳定和代价
对生物的研究重点 生物个体的结构和亲族 生物的个体和行为
天择的环境 异种生物之间的压力 生物个体在所属族群中 其行为模式出现的相对频率
研究个体
就以研究个体而言，往往古典达尔文主义所注重的生物个体，其实再往下想，就是在谈基因的表现型。一个基因有很多表现型，所以在生物上就会发现生长相关的证据。像是蓝眼睛的猫总是耳多不健全等等。然而讨论基因会比讨论生物来的比较广泛。因为最近的研究发现生物的行为不仅仅是＂自私＂，还有＂利他＂或是对下一代不利的行为。举个例子，像是蚂蚁的利它和南美的一种驼鸟，很轻忽的把蛋生在草原上任一处。这些用生物的自私原则来解释是根本说不通的。然而用自私的基因来解释是可以解释的。
达尔文主义从以前到现在，仍有两项最重要的观点正分岐著。其实也正是达尔文理论的两位鼻祖达尔文和华莱士到后来喋喋不休的两大问题：适应现象以及多样性中的相似性。后来就衍生出两派的人士，一派认为胚胎可以在发育的时候去除掉物种演化〔适应性〕来，直接新种形成。另一派人士却坚持胚胎发生上的限制必须受制于天择压力。接下来的理论讨论就是围绕在这两个问题上。
对生物适应环境的观点
就生物适应环境而言，古典达尔文主义强调的是生物所表现的行和适应环境是有关的，任何生物的表现型和社会行为都是为了要对生物有利的演化出来的，也就是说生物为了可以适应环境，所以才演化出种种的器官和生物行为。
然而现代达尔文主义所强调的并非如此，生物的种种行为和演化的器官并非完全为了个体本身的利益，以基因中心的观点来看，生物适应的真正受益者是基因，而非生物个体。所以对于那些在生物上所出现的不完美的例子，现代达尔文主义反而以更包容的态度来看待它们，现代达尔文主义强调的是生物为了适应环境所演化产生的行为或是器官，可不可以让它们在演化上稳定的发展下去？而非这些发展出的适应可否让生物获得什么利益？也就是说现代达尔文主义不坚持一个族群会为了什么利益而发展什么样的策略去适应环境〔这当然也是生物适应环境的一环〕不过要想解释为什么同一个族群会有很大的差异性，我们还要了解一个基因有很多种表现型，也就是族群里的差异性提供族群不同的策略来适应环境，当有一种策略特别成功时，多数的基因就会选择这种策略，因此天择的压力就会渐渐淘汰其它种可行的策略。
对生物的研究重点
达尔文时期和以前的时代大部分都把重点放在研究生物的结构上对于以前的学派，如实利造物主义者，生物越是精美的结构，越能支持造物者创造完美的理论。而对于行为的解释，有一派如笛卡儿的说法是只有万物之灵的人类才拥有理性，其于的动物的行为皆出自本能。另外一派的说法则以洛克的理论为代表，他认为不论是人类或是动物，行为大部分皆源自理智和经验。而达尔文自己对行为的解释，倾向于人类所拥有的道德和智慧皆可在动物社会里有迹可循。即使到了一九六零年代，行为学的研究仍停留在很基础的阶段。
生物的行为在现代达尔文主义里颇受重视，可以说现在的科学家以很清处的了解生物的结构，但是对于解释生物种种的行为，到现在还是存在很多谜等著去解，行为的复杂度其实并不亚于生物结构上的复杂，有时甚至有过之而无不及。有名的理论如『演化对局理论』、『最佳猎食理论』都是为了要解释这些复杂的生物行为而发展出来的。
天择的环境
天择的环境在古典达尔文主义的解释是不同生物间的关系，像是猎物与捕食者，寄生虫与宿主。生物为了要与其它生物竞争或是像食物链一样的关系，必须演化以适应环境。
现代达尔文主义在生物的行为上的解释较古典主义更为出色，在这里生物个体能否生存下去，完全看其行为模式在所属族群中出现的相对频率而定：如果这种行为模式有很大的比例会使个体成功，则天择就会偏爱这种基因〔个体〕，也因此它被保留下去继续演化的机会就会比较大。所以这时候的演化就是看这个族群个体彼此间的关系，谁比较容易活去，谁的策略比较好，这时候这种个体在族群里的比例就会慢慢增加。