身、口、意三门当中意是最主要的，从无始轮回至今，众生在尘世中轮回流转的主要原因就是由于在迷心烦恼的直接作用下，使身与口造下恶业恶因之后，而堕入三界轮回的牢狱之中的。要从这个轮回中解脱出来，并且得到永恒涅槃的快乐，不能单靠身与口的积德行善，主要得依靠意来修炼禅定，这是惟一的最重要的方便法门，教言中说道：「意最主要最神速，诸法之前意在行」。另外，身、口、意三门还有着能依、所依的依附关系，所以在修炼过程中身、口、意都很重要。
首先身体应毫无动摇地具足毗卢七法坐姿，因为身直则脉直，脉直则气顺，气顺则明点畅，明点畅顺才能使明心自在、观修自然。初入佛门的人，在修行过程中，「外」的方面如经商和种田等行为要放弃；「内」的方面如礼拜、转经等善行要放弃；「密」的方面如身体一丝也不能动摇。要如下修炼：
双足金刚跏趺坐，双手在脐下结定印，脊背像竹箭一样挺伸笔直，腹部贴近脊背，颈部稍微向前弯曲，舌头紧贴上颚，眼睛从鼻尖方位注视虚空，以上是总的修身姿势。在大圆满心髓法中要求在唇齿未合的空隙里呼吸空气，这是秘诀要门。除此之外，还有众多的身体坐姿、眼观方法和幻轮身姿等将会在正行秘诀中揭示，到时候可以一一学习和修炼。
至于口修，要停止外在言语和乱说话，要放下内在诵经和善行，也要放弃秘密念咒和唱诵，由此断除口中的发音和言语。
至于意修，要停止所有外在世俗迷念，放下观修内在本尊佛众，放弃修持秘密见修法要，让心自在坦然、寂静安住。就这样精进修炼身、口、意三门，直至三门平定寂静。
在大圆满秘诀开示中有寂止和胜观两个开示法要。
修炼魔障较少的寂止中的「止」时，对于初修者而言，心识犹如一匹烈马，当烈马在疯狂奔跑中失去控制的时候，很难强行驯服，只能采用各种方便之计来引诱驯服它。同样，对这个像烈马、像狂人一样的心如果强行加以控制的话，各种念想会越来越多、越来越乱，因此，我们必须采用各种方便观想之计使心逐步平定寂静，并由此产生具格入法的「止」。
在修「止」之初，要有为利益普天众生即身即世得证无上二业任运成就的佛果而修炼大乘法门的发心，并且要修上师相应法，把发心和上师相应法修完之后，再开始修习有相止。
修习有相止的时候，在三门寂静和身体具足毗卢七法坐姿的基础上，于眼前放置一根短木棍或石子等小东西，眼睛盯住那个小东西，同时心也毫无散逸地观注它。过了一段时间以后，让心脱离全面专注而放松下来，并且继续在不散逸的前提下自在专注、自然入定，就在轻松安定的状态中轻轻放弃修习，然后休息养神。在休息过程中，不能让各种念想在心中一个接着一个地出现，而是要把心继续置于前面那种毫不散逸的境界里。这个修「止」过程是短暂的，所以在修炼过程中不会出现沉闷、昏沉和心念外出、心意散乱的魔障。这个修止法反复多次地修炼以后，会产生很不错的观修功德，所以要坚持多修多炼。
当修炼告一段落的时候，在继续不放逸的基础上要保持观修的状态，把观修与一切行为结合起来，从中修持道法。就算观修取得了娴熟的成就，还是要像前面一样分座次、三门保持寂静和具足坐姿，然后观想自己的眉间有一明点白毫，白毫洁白、清净、明亮而且发光，大小像一颗豌豆，虽见其有，但非实有。让心毫不散逸地观注明点白毫，并且就在观修的状态中像前面一样把心放松下来，让心自然自在静住，不要让念想去阻扰心的寂静自在。观修暂停一会儿以后再又重复观修明点白毫，就这样短暂而多次数地修炼下去。
接下来要观想自己的体内一片虚空，在心际气心和合的本体呈现为红色光点，此光点犹如中等油灯的火苗一样在闪闪发光，光芒明亮而且湛蓝，光中散发着热气，让心专注于光点。当观修结束的时候，要和前面一样放松自在。
如果把前面的观修方法都修完以后还不能产生具格入法的「止」，那么就要观想对面当空有一尊一肘高的金刚萨垛，金刚萨垛虽见其有，但非实有。圣尊白色的法体闪耀着光芒，庄严之相无与伦比，把心专注于金刚萨垛的心际。这个观修法门又和前面一样短暂而多次数地修炼下去。
或者也可以观想对面当空有佛祖释迦牟尼，法体闪耀着金色光芒；或者观想观世音菩萨，法体洁白而明亮，菩萨心际有白色的舍（5）字。
修炼以上法门时，最初念想有增无减，然后念想会逐渐减少下来，这便是修炼稍有成就的征兆。无论怎样观修，心中的恶念习气如果像无法伸直的卷纸一样不能阻止的话，就要在出现贪欲和嗔怒等任何一种恶念习气的当下把心放松下来，其间再出现一个心念时，就把它认识清楚以后让它自然解脱和消失，直至无影无踪。如果再出现一个心念的话，还是把它认识清楚以后心不要执着和追随它，让它自现自灭。然后，让心在无有造作的自性境界里自然放松，由此除灭心念。这个秘诀要多修多练，直至取得非常娴熟的成就。
接下来修炼气：首先身体具足毗卢七法的坐姿，然后要放出气毒，从右鼻孔里三次放出嗔怒之气，从左鼻孔里三次放出贪欲之气，从两个鼻孔里三次放出愚痴之气，这便是九放浊气。另外，还可以从右鼻孔里放出一次嗔怒之气，从左鼻孔里放出一次贪欲之气，从两个鼻孔里放出一次愚痴之气，这便是三放浊气。在放气的同时观想所有的罪障呈现为蝎子纷纷排放出去，并在对面当空被燃烧的智慧火焰烧灭干净。把气吸纳进来的时候，让气流入脐下部位，在那里尽力持住以后放出去。
接下来修炼三字无生金刚诵：把浊气放出的同时身体保持毗卢七法的坐姿，当吸纳气的时候观想气呈现为诸佛身的加被白色嗡（1）字，把气吸纳之后压住上气、吸持下气。把上气和下气会合起来置于脐下部位，观想上气和下气之间有诸佛口的本性呈现为红色啊（2）字，让心尽力专注于啊（2）字，把气尽力持住。当把气放出去的时候，观想气呈现为诸佛意的本性蓝色吽（3）字，成为利益众生的无尽化身。就这样，吸纳的气呈现为嗡（1）字，持住的气呈现为啊（2）字，放出的气呈现为吽（3）字，让心毫无散逸地观注这三个字，这样的修炼就叫做无生金刚诵。一个没有任何疾病的人一天的呼吸次数是二万一千六百次，这样，一天可以把三字无生金刚诵修炼二万一千六百次，从中得到的功德是不可思议的，所以要坚持经常修炼。
接下来观修无相止：身体具足毗卢七法的坐姿，眼睛盯住对面虚空，在没有任何观修物的基础上明心一直关注对面虚空，并且就在观注虚空的当下休息养神。这中间要不时查找观注者——「心」是个什么样的东西，然后又继续像前面一样观注虚空，再又查找观注者「心」，就这样轮流修炼。在修炼结束以后，一切行为之中必须具足正念，不能让心散逸纷乱。当修炼告一段落时，眼睛要向下观看，身体和心都要放松下来，让身心在没有任何修炼观思中静住安定。当心在没有散逸和观修的自在本性境界里远离修习而静住的时候，再一次打破其寂静的状态，然后又和前面一样放松安定，其间要不时观察观注者和打破者。当发现观注者和打破者都是「心」时，就在观注「心」的状态中放松安住，直至产生良好的轻松安住，要把以上法门精进修炼下去。
接下来时而让心毫不散逸地凝神观注，时而让心轻松开放地自在安住，这样轮流观注和放松之中眼睛也要轮流注视上下左右。另外，有时候要把心置于内心中央，有时候要让心海阔天空地漫游，就这样轮流修炼和眼睛轮流注视各方以后，会出现明心能随处观注安住和到处流放自若等可以任运收放的功力，到那时就已经产生了具格入法的「止」。
在修法过程中如果生出昏沉和掉举（散乱）的魔障，就要根据秘诀法要和上师的开示灭除它。
无过具格的「止」就像没有风吹的油灯，明心会在所观想专注的境界里毫不动摇地静住，它会因为脱离魔障而清醒明白，因为脱离偶然生出的念想而平静安稳……就像水未被搅动时清净透明一样，当三门在本原法界清净无染以后，就可以在身体无欲动摇、口中无欲言语和心意自然脱离念想的禅定境界里自然而然地安住下去。
这个具足乐明无念觉证的殊胜妙「止」在身心之中产生以后，可以消除大的痛苦和烦恼，从而可以阻灭此生四大不调的疾病。当蕴、界、入等本位静住以后，可以助我们增长菩提，并且在妙观本原法性大圆满不可思议的境界里自在静住。所以，希望次第修炼道法后取得正果的人们要精进修习以上法门，这一点也非常重要。