仲敦巴仁波且姓氏曰仲，全名仲敦巴·嘉瓦郡乃，意为“胜生”。仁波且于木蛇年(1005年，宋景德二年)生于藏北念青唐拉沃杂杰莫地方(即堆隆菩，在今拉萨西北堆隆德庆县)一个富豪人家，属羊协氏族。父名达松格显，有的史籍称库堆萨季玛。仁波且幼年丧母，其父续娶，他与继母不和，继母常欺负他，如一次继母挤乳，他打牛，牛走乳倒，遭继母痛打一顿。仁波且虽幼，然心智殊特，自思云：“于此争闹，不如他往为乐”，遂离家出走。幼年在许(今朗县)地方学藏文，后迁居到康区去，在半路上遇到正要到尼泊尔去的康地大德赛尊，见后生信，就在路上拜他为师，时年仁波且十五岁。后此大德至跋薄，住一年而回，又相会于玉如，仁波且请求随行左右，大德告其：“汝明年可随康地商来，若今引去，恐他人谤为窃幼童子也。”次年十七岁，随商人至康地，赛尊把他带到了自己家里，他对赛尊勤谨侍奉，为他做放牧、推磨等农牧业生产在内的各种活，还努力向他学法，依止上师十九年，善巧显密诸法。后于一日，与诸学者谈论法义，智胜一切，法增居士之名，遂遍闻于康藏。但这时他并不以此为足，自思云：“得此难得有暇圆满之人身，必须修一真实佛法。但现所学者，是何境界，须再学否？要请问印度大善巧者，而请问须能自问不用译者为好，遂依印度三藏法师弥底(即声刺或名念智法师，此师功德甚大)学梵语文、印度声明学，仁波且后来通晓梵文，皆是上师班智达弥底的功德。
后听说阿底峡尊者到了阿里，他欢喜无量，于弥底班智达处得闻尊者之名时，就情不自禁欲往依止。对他要去阿里向尊者学习之事，赛尊是非常赞同的，为他准备了牲口、行李、书籍等，送他上路，这年他三十八岁，临行前，赛尊大德告曰：今可与父相会(授记必会投到尊者门下)。他自北路行，至前藏场喀梭曲时，以法教化此处之官，其供养热振地方寺庙，请求留此受供养。仁波且云：“汝可改此恶行，建设弘法处所，明年有善慧译师至，可请其弘法。我今无空，须急往阿里谒大善巧者，待我回时，当受汝施，更当于热振建寺也”。仁波且行到拉萨附近的彭域时，遇到鲁梅十人中一人的弟子--噶瓦·释迦旺秀，仁波且告诉他，自己要去请尊者。释迦旺秀很赞成，于是二人商定，如尊接受邀请，愿意到卫藏来，就由仁波且写信回来，请释迦旺秀和卫藏各地方领袖人物商量，共同迎尊者。水羊年(1043年)初，他到达布让加香，遇到正准备经尼泊尔返回印度去的尊者，仁波且见到尊者那年他三十九岁，尊者已六十一龄。尊者因离印度来藏时与印约定三年后返回，此时已到期限，为不违约，准备返印，然在他内心也是亦未决定要走，因尊者在被迎请到西藏弘法的前夕，曾祈请本尊圣救度母，以观征兆。度母悬记云：“一般和个别的一切事业，都有很大发展。特别是依托一位在家居士，将有大的利益”。度母又指示去请问空行母，空行母亦谓若往西藏当有益于正法，特由一居士得获利益。而仁波且正是菩萨所指示的那位居士，他曾依贾地漾勒波受五戒，系居士身，以有特别缘起，供蓝布猞猁袍子，以衣带围绕六匝，表行六度(菩萨度生的六种方法)，仁波且是观世音菩萨化身，曾多次幻化身入印度，以协助尊者入藏。康区喇嘛得知尊者到藏地后，一致向尊者推荐他，另一方面，在仁波且未至之前一日，尊者得绿度母指示，谓心传弟子的大居士将到来。尊者乃严整以待，先陈密集金刚坛城图以待灌顶，然自朝至暮尚未见至，弟子辈不禁暗中私语：“难道度母戏语耶？”尊者起座出外散步，果遇仁波且至，仁波且以其所证悟请教尊者，尊者以手加额谓：“此为最善”，赞叹不已。仁波且也十分敬佩尊者才学，认定尊者为自己终身之上师，遂叩求尊者收摄，尊者见其根性不凡，求法恳切，遂应允之，二人一见如故。仁波且对尊者作了极大供养，不仅供以世间各种财物，且身口意都听从于上师之教导，尊者作吉祥赞赞之，乃命入坛城中，为授密集灌顶，做大加持及授传承，另外还授文殊金刚圣像一尊，此像最有加持，为西印度王送来者。当日尊者之施主，供仁波且酥油一块，他化而注为通宵灯，供于尊者像前，自此以后，乃至尊者圆寂，此灯不灭，这个缘起实在很好，次喻仁波且能得尊者之法脉，能令法灯常明，另一方面，也说明尊者之大法会常存于世，照耀世间，如论中所说“但有讲说者，此便住世间”。仁波且为了转移尊者返国之行，向尊者等一行人介绍并盛赞了拉萨、山南等地道场殊胜，僧侣众多，包括桑耶寺在内的各大寺院情况，并说明那里数千名僧人都迫切希望尊者前去传教。尊着听了很高兴：“这么多修梵行的，在我的家乡也没有，其中一定有大阿罗汉。”说完向东方顶礼，改变了返印计划，决心本着弘扬佛法的心愿，应允接受邀请。仁波且恐中途生变，立即写信给前藏僧众中的释迦旺秋，此信名《寄藏中诸师友书》，该书系一封颂体书信，计有十七颂，书中有“形如大车轮，南瞻部洲中……”等词句，依照书中示意，催促藏中师友们使他们秋季以前赶来迎接。释迦旺秋将这一消息告知鲁梅四柱弟子之一--主持杰拉康寺的尚那囊?多杰旺秀及其他有关人士，并和卫藏各地方势力共同商议，派出代表去迎尊者。前去迎接的代表与尊者及仁波且一行在后藏的贝塘地方相会，然后一同沿着雅鲁藏布江，经过后藏来到拉萨。尊者在藏传教达九年之久，仁波且追随尊者时间最长，从入阿里迎请直至一○五四年尊者在聂塘圆寂，他一直在尊者跟前，在尊者诸弟子中，以他依止年岁最长，所学最多，处于大师兄地位。仁波且生平仅有五师，印度二师，西藏有三位，在这五位上师之中，他最敬重的便是尊者，昔后藏中，一切译师智者集会之处，有一泥滩，他尽脱衣服扫除泥秽，不知从何取来干洁白土覆之，于尊者前作一供坛，尊者笑曰：“奇哉！印度亦有类似汝者”。仁波且曾云：“我慢高丘，不出德水”。对上师比敬不勤，于众生更无悲心可言矣，对谁还会敬重呢？仁波且事师极谨，于此不便详说，只略举一例明之。如昔仁波且服侍尊者，师每大便，乃至粪秽皆必以手捧除之，一次出倾之顷，即得大神通，能见大鹏所飞历十八日之远程中一切事情，此盖即事师而得功德。另外，仁波且也非常注重修持，他遇有急事，则行五种供养：一.供三宝，二.承事僧众，三.供朶马，四.造泥塔，五.诵经。尊者对他也十分赞赏，许为心传弟子，如尊者在藏常患头痛，呼他嘱以手抚其头，谓曰：“汝心良善，手触吾即安”。就这样，仁波且追随尊者十五年，尊者把所有一切显密教授都传给了他，尊者时以《菩提道灯论》、《菩萨宝鬘论》授之，他问“最上密如阎摩王法，内外坛场皆曾以教众，何以但以此二论授我？”尊者告知：“我若不遇汝，则此二论，将无人能解，故特予汝”。有人以为噶当派没有密法教授，这是非常错误的认识，尊者传密法极为谨严，一般不在众会普传无上密，但对仁波且、俄·雷必喜饶及第一世五智喇嘛弥伴等却尽传了密乘无上心要，如对仲传了《密乘四部续》教授和《成就心要类》教授，所以尊者不是不传密法，噶当派也并非没有密乘教授，尊者名著《菩提道灯论》中有“由显入密”教导，说明是显密并重的。尊者在桑耶寺时，曾把密咒行的多种方便和大手印教法等众多教授传给仁波且，但他认为一般人对于密法如言取义的粗行过失的缘故，深加隐密，不轻易示人。虽于显密教法均得究竟，但常讲《般若八千颂》、《八千颂大疏》、《略疏》、《二万光明论》等，对于密法，不多宣说，然而对于密咒的《智成就论》已曾作译校工作。他住耶巴时，自念末世有情，浊情深厚，今师长在世，须请一永利有情之教授，遂日日请问法义，以尊者之答而成《问答摩尼鬘》(此论以问答为体，为教授之精华，内分二十三品，译可十卷以上，总摄颂文为《菩萨宝鬘论》)。阿底峡尊者圆寂后，仁波且成了噶当派新的领袖人物，如尊者将入寂，其弟子请问法要，谓：“师去后，我当修定耶？”尊者云：“定不是法。”问：“终身讲经如何？”尊者云：“讲经权非法要，当依仲敦巴舍世间心，修出离心也”。
尊者一○五四年在聂唐圆寂，水羊年(1055年)仁波且在聂唐主持了悼念尊者的仪式，并在那里建了一座寺院，该寺由仁波且主持，庞顿出资创建，名古朋寺。该寺分前后两进，由于正殿主供镀金卓玛佛像，此像乃尊者自家乡印度萨霍尔带来，因此该寺又名聂唐卓玛拉康(意为聂唐地方的度母佛殿)。又因该寺坐落在聂唐地方，故又称聂唐寺。仁波且将尊者骸骨存放在聂唐度母寺的宝瓶内，寺内塑尊者像，留有壁画，以供后世瞻仰。这以后，他回家乡去了一次。不久，藏北当雄一带的地方头人集会，派人请他到热振地方传教。火猴年初(丙申，1056年)受达木(今当雄)迎请，他带领尊者其他弟子，连同尊者遗体一起搬到了热振地方(今林周县)，同年修建了热振寺(一说为1057年)，将尊者遗骨供奉在热振寺的银铸灵塔中。热振寺是《噶当宝籍》等许多教典中悬记的圣地，受过尊者盛大称赞，是法王仲敦巴师徒的寺庙，成为噶当派教法的源头，噶当派就是以热振寺为根本寺院，由仲敦巴传承尊者的教旨而逐步发展起来的。他以后一直住此寺中弘法传教，大约住寺九年，领导着尊者的其他门徒和他新收下的弟子，他一生虽未受过比丘戒，以白衣传法，但他持戒极严，一切尊照戒律界限而作，非为末世白衣之浸无矩度也。如他观见一修密者饮水，举杯即饮，因问之云：“汝不念三宝恩乎？”另外，他佛法精深，传教极广，对于各种经论皆已通透，如对尊者传下的菩提心修法，他更是心领神会，在自著之“要门八座法”中详论了发心法的修习。因此而弘传盛大了噶当派，以居士之身胜过其他比丘僧，将一生奉献给弘扬佛法事业上，也正是因此，他得到了尊者其他弟子也就是他的师兄弟们的支持和爱戴，师兄弟们如敬师一样敬重他，如尊者三大弟子中的俄·雷必喜饶虽与他是师兄弟，但却很尊重他，曾几次到热振寺去求教。仁波且在热振抱病时，贡巴瓦在生区，相距三日程，贡即知之，乘空而往慰问，不由门入，仁波且力诃斥之，谓神通乃可羞之事。又热振有上下二寺，一寺作法，缺粮，众皆惊恐。贡巴瓦云，不妨，有人已送至半山。后果然。众散后，仁波且责之，谓有功德，当善隐藏勿炫耀，因此禁现神通，遂成噶当定制，这也是符合释迦遗教的，释迦佛曾云：“凡我弟子，不显神通”。因噶当派不涉及政治，不以神通惑世，戒律清净，一心为度化众生，当时的藏族僧众曾盛称噶当派有德行，也最受群众支持。仁波且于藏历第一饶迥之木龙年(甲辰，1064宋治平元年)圆寂于热振寺，世寿六十岁，他常驻锡热振寺，因此该寺留有他很多遗迹，寺内除了有他灵骨塔外，还有他所住过的岩洞，寺院及寺内有他的法座和著名的熏香百供塔。关于仁波且的弟子，见于记载的高足有五十余人，其中最主要者为博朵瓦、普琼瓦、谨俄瓦三昆季。博朵瓦·仁钦赛，是他大弟子，尊者在耶巴时，他闻习了尊者的修持次第，又在热振寺从仲敦巴学习教诫，仁波且圆寂后，他任热振寺堪布，他是仁波且事业的得力继承者，博朵瓦对仁波且也十分敬重，他曾教示谨俄瓦诸人：“汝能值遇如此菩萨，我之知识，如教奉行，实属大福，今后莫觉如担，当为庄严”。普琼瓦·宣努坚赞是仁波且二弟子，原在聂唐随尊者习法，尊者圆寂后，随仁波且到热振寺学噶当教诫，并奉上师之命为几位弟子讲授《俱舍论》。仁波且对普琼瓦非常器重，将尊者密法噶当第十六章教诫仅授于他，此法之传承是当年尊者与仁波且居于叶尔瓦拉日山时，尊者答复几个重要弟子问题并述说仁波且之事迹，并告知仁波且为宣讲未来所化之事，要他终身奉行第十六章教诫。之后，尊者与仲敦巴又将第十六章教诫传授給俄·雷必喜饶，雷必喜饶则传授于阿里的喜饶坚赞，喜饶坚赞传格西普琼瓦，普传绛山仁清坚赞，开噶当派“口诀”一系。尊者与众弟子问道录全名为《噶当宝籍》(或《噶当书》、《噶当师弟问道录》)，这部书是尊者门下师徒秘密传授的教法，未在世上广泛传授，其中仲敦巴仁波且请问尊者的问道语录名为《祖师问道录》。有广本和略本尊者传，噶当十六明点传承师别传等汇编；由俄·雷必喜饶和枯敦等请问的名《弟子问道录》。谨俄瓦·次程巴是仁波且三弟子，他二十岁时到热振寺，师事仁波且，因常随上师左右，故称谨俄瓦，意为“眼前人”，他亦从仁波且得秘密指授。
仲敦巴仁波且肉身虽入灭了，但他化身会象《噶当书》中记载的那样，会常入世间度化众生。如后来的三世章嘉活佛在藏地时，一次举行会供轮祭祀活动，在返回途中，从柏林深处突然出来了一个衣袖搭在肩上的乞丐，堪钦多杰强对章嘉说：“若有尼泊尔章噶(尼泊尔货币)，就施舍给他吧！”章嘉问侍从：“有章噶吗？”转眼之间，那人却不知去向了。土观活佛曾亲耳听章嘉说，那人可能是仲大师。《噶当书》中就有这样的话：“我的真正化身，多次装扮成比丘，模样如同贫苦的叫花子”。最后，我以古代大德的话来赞颂仁波且的功德：
阿底峡仲敦巴如一双日月，用恩德将西藏的全境照亮。