瑜伽行派是印度大乘佛教的另一大派别。瑜伽行派的形成有着深刻的理论背景和社会原因。以龙树为代表的中观学派，对世界是空的本性有着透彻的说明，深化了佛学的缘起理论。然而，佛教的最终目的是解脱成佛，空与成佛又是怎样的关系?中观学派对众生成佛的根据，也就是佛性问题说明不足，对一切众生悉有佛性解释不够，这些体现在实践层面，就容易产生虚无主义，即“恶趣空”的倾向。基于这样的因缘，公元3—5世纪，出现了一批特别重视探讨世界与人的本性以及成佛问题的经典，包括《大方广如来藏经》、《佛说不增不减经》、《胜鬟经》、《解深密经》、《入楞伽经》等。从当时社会背景来看，其时正是印度笈多王朝的鼎盛时期，佛教得到了封建贵族和商人的支持；良好的经济状况，又为进行深入的哲学探讨创造了条件。在佛教创立以前，古印度就有瑜伽派，他们的修行方法为佛教所吸收。瑜伽，意为“相应”，指一种观悟真理的修行方法。大乘瑜伽行派因强调瑜伽的修行方法而得名，又因其理论上主张“万法唯识”、“识有境无”而被称为“大乘有宗”。
代表瑜伽行派思想的主要经论有《解深密经》和《瑜伽师地论》等，无著的《摄大乘论》，世亲的《唯识二十论》、《唯识三十颂》、《大乘百法明门论》等在学派的创立中也起了极大的作用。瑜伽行派的思想特色是从认识论的角度出发，在义理层面解释宇宙人生的本质，说明众生成佛的依据。该派特别注重概念的深化与创新，建立了唯识无境、八识与种子，三性三无性、转识成智等学说，并善于运用因明的方法，形成了一个从世界观、认识论到解脱论的完整的理论体系，具有很强的哲理性，极大地增强了佛学的理论说服力。
瑜伽行派对“识”有着详尽的分析，提出了“八识”与“种子”说。根据瑜伽行派的理论，能够变现万法的“识”有八种，即眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿梨耶识(亦译为“阿赖耶识”、“阿刺耶识”等，意译为“无没识”、“藏识”等，又别称“种子识”、“异熟识”等)。其中前六识分别与人的感官(根)相对应，第七识末那识的意思是“恒审思量”，它的主要职能是执持阿梨耶识为“我”，有自我意识的含义，广义来说，一切“无明颠倒”也都发生于此识，因此也称“染污识”。八识中的阿梨耶识是最根本的，它是万法的总根源。阿梨耶识有“能藏、所藏、执藏”三义。八识在发生作用的时候，分别有能缘与所缘两个方面，即能见的“见分”和所见的“相分”，起返照功能证知见分作用的“自证分”和确证自证分的作用的“证自证分”。人生历劫的经验沉淀储存在阿梨耶识中，当这种经验或者说习气成为引发同类事物作用的原因时，就叫做“种子”。阿梨耶识中含藏着变现世界万法的各种种子；种子发生作用，显现万法，叫做“现行”。而所谓的万法只不过是阿梨耶识中种子的显现，因此万法的存在均离不开阿梨耶识。
瑜伽行派思想的根本命题是“唯识无境”。“唯识无境”指万法唯识所现，识外无真实之境。唯识无境具体来说有两层含义。首先，人们关于世界的一切认识都由心识所变现，在心识之外没有真实的外境。他们观察到，不同的人对同一境界(对象)的认识往往有很大的差别，同一个人对同一对象的认识也不是一成不变的，这说明“识，，不受“境”的制约，“境”随着“识”而变化；还有一些认识现象，如梦境、幻境或其他一些谬识，或无实境可循，或与实境不符，更可以证明，不是“境”引生“识”，而是“识”变现“境”。其次，包含并体现了瑜伽行派的整个修行观，即“转识成智”——通过修行，除去阿梨耶识中的杂染成分，而获得清净的种子。具体来说，即转凡夫有漏的八识成为佛的四智：转第八识为大圆镜智，转第七识为平等性智，转第六识为妙观察智，转前五识为成所作智。
瑜伽行派从名言种子的角度阐发缘起，提出了“三性说”。三性指：一、遍计所执性，又作虚妄分别相、分别性，指对无实体的存在计执为实我、实法，而生起妄执之心；二、依他起性，又作因缘相、依他性，“他”，即指“众缘”，意谓万法皆依众缘而生起；三、圆成实性，又作第一义相、真实相，谓在“依他起性”上远离“遍计所执性”的谬误，便能体悟到万法既无“人我”又无“法我”的真实本性，由此显示的真如实性即为圆成实性。
瑜伽行派在方法论上，特别注重对佛教逻辑“因明”的运用。“因明”是一种推理证明的学问，起源于古印度正统婆罗门哲学派别关于祭祀的辩论，其中正理派曾以此作为他们学说的中心。大乘佛教中观学派的龙树全盘否定正理派的逻辑学说，瑜伽行派则出于辩论的需要而逐渐吸取并发展了古因明，使之成为驳斥外道、宣传教义的重要工具。
瑜伽行派的实际创始人是无著与世亲兄弟俩。该派尊弥勒菩萨为始祖，相传无著曾上天受弥勒口授，回来后诵出了《瑜伽师地论》作为创立学派的理论根据。关于弥勒，佛典中记载他住在兜率天宫，曾从佛授记将继承释迦佛位于未来成佛。据一些学者考证，历史上确有其人。但一般认为，瑜伽行派的实际创始人是无著、世亲。他们生于北印度犍陀罗婆罗门家族，两人都从说一切有部出家。无著先修习小乘空观，感到不满，传说后来经弥勒指点而改信了大乘。世亲原来对有部的阿毗昙很有研究，曾著《俱舍论》，对小乘学说十分自信，反对大乘，后经无著的影响而改宗大乘。兄弟俩共同弘扬弥勒的学说。世亲的继承者有亲胜和火辨两家。亲胜一系有德慧、安慧等人，史称前期瑜伽行派或唯识古学，又因其否认“相分”的真实性，并认为“见分”也无其行相，故亦称无相唯识派。中国南北朝时期菩提流支和真谛所传的主要就是这一系的思想。火辨一系的继承人有陈那、护法等，这一系比较重视因明的研究，被称为后期瑜伽行派或唯识今学，又因主张“相分”真实有体，“见分”取“相分”为境时，“见分”上会生起“相分”之行相，故亦称有相唯识派。由唐玄奘传人并据以创立唯识宗的主要是这一系的思想。
瑜伽行派的理论学说经玄奘西行求法而系统地引入中国，形成了中国佛教的法相唯识宗。