MAX WEBER将“现代”定义为“世界的除魅”的过程，也就是科学和理性全面胜利的过程：“只要人们想知道，他任何时候都能够知道；从原则上说，再也没有什么神秘莫测、无法计算的力量在起作用，人们可以通过计算掌握一切。”（《以学术为业》）西方的崛起，自然科学的大发展及科学的工业化和军事化居功至伟，培根一语中的：“知识就是力量”。科学的发展，曾经使启蒙思想家如法国孔多塞坚信人类的无限进步的可能性，“凡是不能预料的和可利用的东西，启蒙精神都认为是可疑的”（霍克海默、阿多尔诺《启蒙辩证法》），换句话说，通过科学人类可以认识一切、控制一切。于是产生了所谓“唯科学主义”，“
唯科学主义认为宇宙万物的所有方面都可通过科学方法来认识”（郭颖颐《中国现代思想中的唯科学主义》）。
吊诡的是，科学本来属于“工具理性”，是不涉及“终极关怀”的，它也正是在批判神学中发展起来的，是不语怪力乱神的。而唯科学主义要让科学为人类提供意义和价值，发挥价值理性的作用。科学赶走了基督教的上帝，带之以对科学和工具理性的信仰，唯科学主义不是成了一种“新神学”？
反神学的唯科学主义的背后，我们依然可以看到那个基督教文化特有的“救赎历史”的历史目的论的幽灵，是以科学的名义提供“救赎”。物极必反，尼采以下，到如今的后现代主义思潮，都旨在以人的非理性，历史的非目的性、真理背后的权力性这些“批判话语”，来解构唯理主义和唯科学主义的绝对霸权。20世纪的两次世界大战和若干国家的极权主义实践，更是摧毁了科学的进步必然将人类引向“自由和繁荣之路”的伟大神话，科学的工业化和军事化的极度发展，终于产生了核武器之类足以毁灭全人类和文明的黑暗力量。曾经向人类许诺过无限进步的科学“为人类兴起了所能想象的最大希望，但是同时却也摧毁了所有的幻想和理想”（借用梅纽因的话）。终于在20世纪末，在有人宣布“历史终结”的同时，也有人宣布“科学的终结”（霍根）。两极相通，作为“新神学”的唯科学主义基于对理性的过度自负最终异化为非理性主义。
科学只是人类认识世界的手段之一，求真是其唯一目的，它本身是不解决也无力解决善和美这类价值问题的。现代思想史上，伯林批判“真善美统一说”，
韦伯论“科学不涉及终极关怀“，海德格尔说“科学不思”，福柯揭示科学背后的权力关系，为我们反省唯科学主义提供了许多可以借鉴的思想资源。认识世界，还有信仰的、道德的、审美的维度，唯科学主义要代替这些维度，其实是一种傲慢的僭越，可以说是知识领域的“极权主义”。
批判唯科学主义并不是要代之以非理性主义，反省科学的能力和局限性才是一种真正科学精神的体现，唯科学主义恰恰是反科学精神的，是科学精神的异化。科学精神，其核心是一种批判和怀疑的精神，科学的权威性必须受理论内部逻辑一致性和外部经验的检验，理性论证（能否形式化）和可控实验是检验的基本手段。科学精神所蕴涵的客观性、逻辑一致性和试错的检验方法是推动人类知识进步和文明演进的重要力量，这是已被历史实践所证明。
研究自然科学要讲科学精神，这近于同意反复，不过本世纪前苏联批判过所谓“资产阶级生物学“，纳粹德国提倡过所谓“德国物理学”，当时许多德国物理学家反对“相对论”竟然是因为爱因斯坦是犹太人，这些将科学意识形态化的做法是对求真的科学的最大侮辱，其摧毁科学的力量甚至大于非理性主义。所幸现在自然科学没有阶级性已经成为共识，这在中国实际是巨大的进步。但论及社会理论，中国学人无论是援引老马的意识形态理论，还是援引福柯的“知识-权力论”，似乎都主张社会理论是意识形态或是所谓“权力话语”，是不能科学争论的，于是社会理论之争用给对方扣“某某阶级的辩护士和代言人”，声称自己是“某某先进阶级的代言人”的作法司空见惯，顺利成章。我要指出的是，各种社会理论虽然其主张的终极目标（理想的社会秩序）有冲突，但是是可以科学争论和科学检验的。社会理论其解释性的部分可以通过对理论内在理路的分析和对社会事实的观察理性批评和检验，其建设性的部分更可以通过社会实践检验。马克思的资本主义下“无产阶级绝对贫困论”理论，肯定已被可以观察和量化的社会事实证明在当代资本主义国家是不正确的，其“剩余价值”理论和观察到的事实有冲突，至少需要修正。这种批评是基于科学精神的，不是“谁代表先进阶级、谁代表落后阶级”的意识形态之争，真正的马克思主义者决不会给批评者扣上一顶疯狂攻击马克思主义的帽子，而是要通过理性辩论，并最终尊重经验事实的检验。
我不同意以反唯科学主义的名义就否定社会理论的科学性。我承认社会理论因为研究人类社会，必然有主观性，不可能成为物理学一样的完全形式化的精密科学，但是是可以基于科学精神理性论证和检验的。提倡思想学术自由并不是提倡相对主义，而只是基于这个理由：科学理论之间的竞争才能促进科学发展，所谓“真理越辨越明”，理论的科学性最终是可以经验地检验的。
后现代思潮，对破除我们对唯科学主义的迷信是很好的解毒剂，但也仅此而已，反权威、去中心的主张是无法组织起基于分工和合作的复杂的现代文明社会的，建设社会必须靠科学和理性精神。对还在追求“现代性”的中国，后现代思潮、非理性主义居于边缘地位才是合理的选择，虽然我一直承认他们并非毫无价值。